https://koreanraichu.tistory.com/760 포켓몬 이로치가 나올 확률로 이항분포를 때려보자일단 이항분포가 뭐냐… 특정 확률(p)을 가진 베르누이 시행을 n번 독립적으로 반복했을 때, 성공하는 횟수(X)에 대한 이산 확률 분포라고 한다. Pass or Fail 뭐 이런건데, 여기서 중요한 건 결과가koreanraichu.tistory.com이거 파이썬으로 하는거 맞음.성비와 이항분포포켓몬에는 성비가 존재한다. 성비가 불명(무성)이거나 한쪽으로 쏠려있는 경우도 있지만 보통은 암수가 다 있는데 비율이 다른 경우가 많다. 님들 솔직히 세꿀버리 비퀸 만들어야되는데 암컷 안떠서 피눈물 흘리신 적 있으시죠? 난 있음... 아오 포고 야도뇽이 자꾸 수컷만 나와서 대환장파티여... # p(성비):..

여러분은 데이터를 분석할 때 제일 먼저 해야 하는 게 뭔지 아십니까? 물론 데이터를 얻는걸 제일 먼저 해야겠지만, 데이터를 다 얻고 나면 데이터를 체크하고 전처리로 뭘 할 지를 정해야 한다. 근데 지금 리눅스 업글중이라 둘 다 다룰 수 있을지는 모르겠음.df.info()데이터프레임의 정보를 확인할 수 있다. RangeIndex: 299 entries, 0 to 298Data columns (total 13 columns): # Column Non-Null Count Dtype --- ------ -------------- ----- 0 age 299 non-null float..

일단 결론부터 말하겠음. 아직 중순 안됐으면 연초나 마찬가지니까 지금 당장에라도 담배 끊으십쇼.# 모듈import numpy as npimport pandas as pdimport matplotlib.pyplot as pltimport seaborn as snsfrom lifelines import KaplanMeierFitter # 이친구가 생존곡선을 잘 그려요 아무튼 그럼 import GEOparse # NCBI GEO에 접근할 때 필요함 from Bio import Entrez # NCBI 창고털이 드가자 # 그래프를 그리기 위한 기본 설정plt.rcParams['font.family'] = 'Nanumbarunpen'# plt.rcParams['font.family'] = 'AppleGothic'..

베이즈 정리는 두 확률 변수의 사전 확률과 사후 확률사이의 관계를 나타내는 정리이다. 뭔 개소리임? ㅈㅅ 나도 이해를 못했음. 사전 확률(기존 믿음)과 새로운 정보(증거)를 결합하여 사후 확률(갱신된 믿음)을 계산하는 확률론적 방법이라고 하는데 이것도 확 와닿는 얘기는 아니었습니다. 이거 공식은 되게 심플... 할수도 있고 아닐수도 있음.공식이 이게 다인데 보통 P(B)는 안준다. 그래서 저걸 또 전확률의 정리? 그걸 써서 구해야된다. 근데 저 바는 뭔데요? 조건부확률(P(A|B) = 어떤 사건(B)이 이미 일어났다는 전제 하에, 다른 사건(A)이 일어날 확률)이다. 그 생선님이 유튜브에 올린거 보면 비유를 개찰떡으로 해놨는데 봅시다. 어떤 게임의 가챠 확률표에서 SSR 확률이 0.001%이고 SSR ..

좋은 소식. 이거는 전편 후편 없다. 나쁜 소식. 트리가 한타떄에 비해 안이쁘다.# 모듈import numpy as npimport matplotlib.pyplot as pltimport matplotlib.cm as cm # 넌 뭐냐 from Bio import Entrez, SeqIO # 왼쪽: 일단 털어보자/오른쪽: 시퀀스 다루려면 필요합니다. 필수임. from Bio import AlignIO # 서열 분석해줄 친구from Bio import Phylo # 트리 그릴라면 필요해요 from Bio.Phylo.TreeConstruction import DistanceCalculator, DistanceTreeConstructorimport io # 누구세요?import subprocess # 서브 프..

https://koreanraichu.tistory.com/824 한타바이러스의 시퀀스를 받아서 MSA를 해보자 (전편)https://koreanraichu.tistory.com/79 Biopython으로 MSA 해보기MSA: multiple sequence alignment 여기에 관한 이론적인 설명은 나중에 또 입 털어드림 ㅇㅇ 아 참고로 MSA 관련해서 다른건 다 결과가 제대로 나왔는데koreanraichu.tistory.com우리 여기서 MSA 돌릴 FASTA파일 저장했죠? 후편에서는 그걸로 분석을 돌릴건데… 아… 이거 트리땜에 개노가다했음… 그것도 트리 얘기하면서 얘기해드리겠음.# 바이러스 DNA가 세그먼트별로 섞여있습니다. (S, M, L)# 이거 분류 안하면 MSA 뻑나요. s_segment..

https://koreanraichu.tistory.com/79 Biopython으로 MSA 해보기MSA: multiple sequence alignment 여기에 관한 이론적인 설명은 나중에 또 입 털어드림 ㅇㅇ 아 참고로 MSA 관련해서 다른건 다 결과가 제대로 나왔는데 툴 관련해서 결과가 안나왔어요 이게 암만 찾아도koreanraichu.tistory.com여기서 MSA 해볼때 clustalW랑 muscle 안돼서 못했잖아요? 경로 입력해야되는데 리눅스 경로가 어디있는지 안나옴+which 몰라서. 근데 맥이나 리눅스에서는 which를 써서 설치 경로를 찾을 수 있습니다. 그러니까 해보자 이거임.배경뜬금없이 바이러스가 왜 나왔는가… 생물정보학 하면 보통은 유전자 시퀀싱 많이 하죠? 근데 뽑아서 시퀀싱..

셀레늄 배운김에 함 해봤음. 일단 클린바가 뭐냐면 유전적 변이와 인간의 표현형(phenotype)과의 관계에 대한 데이터를 수집하여 보관하는 데이터베이스이다. 이 코드를 매일 돌릴 필요는 없지만, 얘네가 데이터베이스다보니 주기적으로 업데이트를 함. 그니까 최신정보가 필요할때 쓰시면 되겠다.from selenium import webdriverfrom selenium.webdriver.common.by import Byfrom selenium.webdriver.support.ui import Select# 웹드라이버 실행driver = webdriver.Chrome() # 구글 크롬driver.get('https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/') # Clinvar 접속print(..

그… 시계열 데이터를 아십니까? 가로축이 시간인 데이터라고 보면 된다. 예를 들자면 나는 오늘 얼마나 걸었는가, 어제랑 비교해서는 얼마나 걸었는가, 얼마나 퍼잤는가, 오늘 삼전은 몇만전자인가(…) 뭐 그런거 말이다. 시계열의 대표적인 예시가 주식이다. 아니 오늘 판다스 통계분석을 하는데 diff()가 나온거임. 이게 뭐냐면 차분이거든요? 이 차분이 뭐냐면... 시계열 데이터는 슈뢰딩거도 무덤에서 기함할 정도로 평균과 분산이 아주 널을 뛰기때문에 이걸 정상화할 필요가 있는데, 그 정상화 절차다. 그리고 ARIMA에서 I를 맡고 있지. 그럼 AR이랑 MA는 뭔데요? AR은 자기상관이고 MA는 이동평균이다. 이동평균은 또 뭔데요? 12345 있으면 123 234 345 이런식으로 범위를 옮겨가면서 평균 내는 ..

Pandas를 쓰시는 분들이라면 한번쯤 보셨… 아냐 이건 한번 본 정도가 아니라 판다스 만질 일 있으면 엄청 써보는거임… 특히 저 앞에 두개요. 진짜 엄청 써봅니다. 근데 둘이 무슨 차이인지 모르시겠다고? 그럼 잘 오셨음.시리즈, 그리고 데이터프레임시리즈가 모이면 데이터프레임이 된다는 건 아실것이다. 그 대충 문발 생각하시면 된다. 구슬을 꿰어서 세로로 한 줄(시리즈)을 만들고, 그걸 가로로 엮어서 문발(데이터프레임)을 만든다. 그리고 저 네개를 데이터프레임에서 뭐 찾을 때 쓰는데 어떨 때 쓰느냐…loc, iloc이 두개는 데이터프레임에서 행단위로 찝을 때 사용한다. 그니까 저걸 쓰면 어떻게 나오냐... 그 비즈 문발 보시면 세로로 꿴 구슬을 가로로 엮어서 2차원 평면을 만들잖아요? 그 문발을 보면 구슬..

쉬는시간에 시간 애껴서 만들었음… 아니 근데 솔직히 재밌어보이지 않습니까?import numpy as npimport random일단 이거 돌리려면 넘파이가 설치되어 있어야 한다. 일단 개발은 3.10에서 하긴 했는데 뭐 버전타는건 없겠지… 있으면 큰일난다… 나 3.10에서만 돌려봄… # OOP 서타일은 클래스에서 시작이여class Bingo: # 기본값은 5*5(기본 범위는 25) def __init__(self, size = 5, n = 25): self.size = size self.bingo_max = n self.bingo_range = range(1, self.bingo_max + 1) self.board = None s..

일단 이거 어제 부트캠프에서 한거고 깃헙에는 코드가 올라가있음. 근데 왜 글은 오늘 올리느냐... 두 가지 이유가 있는데 일단 요즘 레전자 DLC 미느냐고 바쁘고, 미디움은 하루에 글 세개인가 제한이 있습니다… 목욜에 제한 넘겨서 하나 금욜에 올렸는데 이것도 금욜에 올렸다간 제때 못올라감…힙 정렬을 하기 위해서는 힙 트리에 대해 먼저 알아야 하는데, 이거는 트리는 트리인데 일단 완전 이진 트리(자식이 최대 두 개인 트리)이다. 그리고 항상 루트에 최댓값(최대 힙) 혹은 최솟값(최소 힙)이 들어가있어서 최댓값 찾기는 개빨리끝남. 여기서는 어떻게 구현했냐면1. 트리 뼈대를 만든 다음(리스트를 주면 리스트 길이에 따라서 완전 이진 트리가 생성됨)2. 그 트리 안에 있는 리스트를 힙 트리로 만들건데(최대 힙),..