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번외편-코딩테스트 풀이
Coding/Python
코테 본다는 얘기는 못 들은 것 같고... 그냥 면접보다가 어디 실력 좀 볼까? 해서 나온거긴 한데... IDE도 셋업 안 된 상태에서 jupyter 데모로 봤었음... 근데 Python을 안 쓰면 나한테 연락을 안 할것인데 이건 뭔 상황인지 모르겠고... 거기다가 실습할 때 썼던 파일들 올릴랬는데 깃헙 뻑나서 오전중에는 그거랑 씨름함... 해결은 봤죠. 참고로 어제 사용한 FASTAQ파일과 오늘 사용한 FASTAQ파일은 다릅니다. 이거 구하기도 개빡셈. 모듈 모셔오기 from Bio import SeqIO from Bio.Seq import Seq from Bio.SeqRecord import SeqRecord import numpy as np import pandas as pd 세번째줄 안불러도 됨 ..
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Biopython으로 MSA 해보기
Coding/Python
MSA: multiple sequence alignment 여기에 관한 이론적인 설명은 나중에 또 입 털어드림 ㅇㅇ 아 참고로 MSA 관련해서 다른건 다 결과가 제대로 나왔는데 툴 관련해서 결과가 안나왔어요 이게 암만 찾아도 답이 없어서 좀 더 알아보고 수정할 가능성이 있음 시범조교 앞으로 오늘은 시범조교 가짓수가 좀 많은데 그 중에서도 FASTA 파일들을 좀 올리고자 한다. 이거 말고도 pfam에서 두갠가 받았는데 그건 걍 가서 암거나 받으면 된다. 해당 파일은 박테리아의 16s rRNA 시퀀스가 들어있는 파일이다. FASTA 파일이라 메모장 있으면 일단 열 수는 있다. 리눅스에서는 gedit으로 만들고 편집하고 다 했다. (vim 안씀) rRNA 시퀀스는 Silva에서 가져왔다. 고마워요 실바! Ag..
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Biopython SeqIO 써보기
Coding/Python
파이참 쓰다보니 키보드 먹통돼서 재부팅 여러번 했다. 이것도 갈 때 된 듯... *참고로 그냥 리드나 파싱으로 긁어오는 방법은 첫 글에서 썼으므로 생략한다. Iteration 활용하기 근데 들어도 이건 뭔 기능인가 싶긴 함. from Bio import SeqIO identifiers = [seq_record.id for seq_record in SeqIO.parse("/home/koreanraichu/sequence.gb", "genbank")] print(identifiers) 뭐야 wrap 넣어줘요... 레코드와 for문을 조합해서 원하는 데이터(ID나 시퀀스, description)만 가져올 수 있다. from Bio import SeqIO identifiers = [seq_record.id fo..
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Biopython으로 시퀀스 레코드 생성하고 만져보기
Coding/Python
오늘껀 근데 하면서 나도 이해 못했음... SeqRecord를 만들려면 뭘 또 모셔와야 하는데 바로 from Bio.SeqRecord import SeqRecord 이놈이다. 이정도면 복잡한 거 돌리려면 아주 모셔오는데만 열댓줄 쓰게 생겼는데??? 텐서플로우나 저기 그 넘파이 판다스처럼 합쳐버리지 그러냐... (걔네는 일단 한 번 데려오면 다 써먹을 수 있음) 레코드 생성하기 이모지 넣고싶은데 이거 리눅스라 이모지 넣는 법을 모름... 아무튼 레코드는 이렇게 생성하면 된다. from Bio.SeqRecord import SeqRecord from Bio.Seq import Seq EcoRI=Seq("GAATTC") # ECoRI sequence ECoRI_r=SeqRecord(EcoRI) #로 레코드를 ..
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Biopython으로 시퀀스 다뤄보기
Coding/Python
전에요? 아니 그건 가져온거고. 시퀀스도 텍스트나 리스트처럼 인덱싱과 슬라이싱이 된다. 방법도 똑같다. 그래서 그건 생략할 예정임... 그리고 그거 아니어도 분량이 많아요 또. .count() 특정 문자열이 몇 개인지 세 준다. 뭐 시퀀스에서 아데닌이나 구아닌 갯수 세주고 그런거다. 이걸 이용하면 특정 단백질 시퀀스에서 특정 아미노산(카테고리면 겁나 세야된다...)이 차지하는 비율도 볼 수 있다. 쉬어가는 코너-Primer에서 GC함량 구하기 아 이거 중요합니다. Primer 만들 때 중요한 요소 중 하나가 GC 함량이다. 참고로 여기서는 두 가지 방법으로 구해볼건데 첫번째는 .count()를 이용해 G와 C의 수를 세서 전체 DNA 염기 수로 나누는 거고, 두번째는 바이오파이썬의 모듈을 이용하는 방법이..
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Biopython으로 시퀀스 가져오기
Coding/Python
참고로 다른 코딩글은 여기다가 안 올린다. 코드블럭도 없고 카테고리도 없어서 어지간한 코딩 이야기는 노션과 워드프레스에 올리는 중... 아니면 미디움이나. 근데 이건 우째도 올렸네? 아 생물학 카테고리가 있잖아요. Biopython은 생물정보학에서 쓰는건데 마침 심심하던 차에 잘됐다 써봐야징 해서 어제 깔았다. 리눅스의 경우 pip install bio(안되면 biopython)으로 걍 터미널에서 깔면 된다(우분투 20.02 LTS 기준). 윈도우마냥 pip 있는 데 안 찾아가도 됨 ㄹㅇ 편함. 근데 파이참 바로가기 없는 건 너무한 거 아니냐고... 내가 터미널 열고 직접 모시러 가야것냐... *Notes: Biopython을 사용하려면 사용할 기능에 맞는 모듈을 모셔와야 한다. 코드에 그게 생략되는 경..