심심해서 써보는 본인 개발환경

Notes: 파이썬 모듈이나 버전은 따라해도 되는데 OS는 본인 편한거 쓰는게 좋음. 개발하시는 분들이 맥이나 리눅스 많이 쓰긴 한데 맥이나 리눅스는 윈도우와 달라서 무턱대고 쓰기 좀 불편하다. 나 고딩때 애들 커맨드 컨트롤 헷갈리는것만 여러번 봤음 진짜. (맥에서는 복사가 Ctrl+C가 아니라 Command+C) 그리고 어지간한 개발툴은 윈도 맥 리눅스 다 지원한다. 카톡 빼고 그건 개발툴 아닌데 아 그래서 지원 안하나

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참고로 카톡이 리눅스에서 안돼서(와인 깔면 된다는데 실패함...) 본인 본의아니게 공부하는동안 연락 안됐음... 리눅스에서는 디코로만 연락 가능합니다.

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Laptop

Lenovo thinkpad E470 (현재 단종) +4GB RAM

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내가 리눅스 쓸거다 근데 특히 우분투 쓸거다 그러면 우분투에서 여기다 우리꺼 깔면 잘됨 보장함 땅땅땅 있는 노트북 중에서 사는게 좋음.

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일단 본인은 노트북 1호/3호와 달리 얘는 들고 다닐 거 감안해서 사양보다 휴대성에 중점을 뒀는데, 그러면 보통 그램을 삼. 1킬로도 안되는게 되게 가볍다더라고... 얘네 진짜 외계인 고문하나 근데 우분투 측에서 여기다 우리꺼 깔면 잘됨 땅땅땅 한 기종이 아니라 걸렀음... 예산 범위도 오버였고... 100만원 안으로 잡아놨는데 그램은 가격부터 오버여... 그램이 개발할 때 안 좋다는 얘기가 아니라 OS와 예산때문에 거른겁니다. 오해 ㄴㄴ요. 맥북도 예산때문에 걸렀음. 맥이 솔직히 편하긴 한게 고등학생때 써봤거든... 본인 놋북빼고 패드 폰 다 애플기기고. 근데 비싸요...

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리눅스는 공짜기때문에 free-DOS 사서 직접 설치하면 됨. 부팅디스크 만드는 법도 찾아보면 나오고 설치법도 나오고... 뭐 우분투의 경우 쓰다보면 터미널에서 돌리는게 좀 많긴 한데 설치까지 터미널로 하는 건 아니고 윈도처럼 GUI로 돌아감. (리눅스도 종류가 많다... 리눅스 민트 센토스 뭐... 우분투는 그 중 하나.)

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이 노트북은 원래 내장된 램이 4기가인데, 개발하다보면 생각보다 램이 많이 필요하다고 한다. 당장 노트북 1호가 게이밍이었던 이유도 MATLAB으로 영상 처리를 해야 하기 때문이고(영상처리 생각보다 고사양 필요함)... 그래서 4기가 엑스트라로 박았는데도 파이참 좀 버벅거림... (spyder나 jupyter는 제깍제깍 열린다) 저거 살 때는 파이썬 안했고 자바 했는데 이클립스로 돌아가야 하다 보니 저사양에서 버벅거리는 걸 몇 번 보기도 했고. 놋북 CPU는 i5고... 본인은 아무래도 잘알까지는 아니라서 CPU 사양을 크게 신경쓰는 건 아닌데 일단 i 뒤에 붙는 숫자는 세대가 같으면 큰게 좋고, 본인은 일단 셀러론 거름. 그래서 마지노선이 i3~i5단.

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내가 셀러론에 안좋은 추억이 있어... 게임하다 랙걸려서 사리적립만 몇년 했는지 몰라...OTL 무슨 메이플 하는데 랙이 걸리냐고...

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OS

Ubuntu 20.04 LTS(2022년 8월 21일 현재는 22.04 LTS)

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커널은 올렸는데 LTS가 새로운게 안 풀린건지 내가 저장소를 따로 추가해야 하는 건지... 리누스형 이러지 말자 진짜

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리눅스는 맥과 함께 유닉스 계열 OS고 악마의 명령어 sudo rm -rf/가 먹힌다 우분투의 경우 GUI가 있지만 터미널을 통해 CUI로 해야 하는 게 많다. 대표적인 예가 글꼴 뭉텅이로 설치할 때 복사할 글꼴이 있는 폴더로 가서 sudo cp *.ttf /usr/share/fonts 같은 거(cp=copy). 윈도우의 관리자 권한으로 실행같은 게 sudo인데 생각보다 이거때문에 터미널에서 해야 하는 게 좀 있다. 윈도보다 편한 부분도 있는데 윈도보다 불편한 부분도 존재함. 맥도 그렇잖아요? 대신 우분투 ~설치 이런걸로 찾아보면 정보는 많이 나오는 편.

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그리고 얘 종특인지는 모르겠는데 한영키를 한영키가 아니라 오른쪽 알트로 인식해서 그거 셋업하고 한글 언어팩 깔아야 한글 입력 됨. 나는 우분투 깔면 제일 먼저 하는게 한글 깔고-mozc 설정하고(일어 자판)-무선랜 드라이버 추가하는거임. 그 뒤에 부차적으로 필요한 거 깔고 구축함.

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대신 터미널에서 하는거에 적응하면 터미널 하나 켜놓고 거기서 다운로드 설치 실행 이동 복사 삭제가 다 가능하다. 본인 깃헙 세팅 터미널에서 하고 깃크라켄 까니까 알아서 셋업 인식하더만. 파이썬도 터미널에서 깔고 필요한 모듈도 일단은 터미널에서 깔았고 아나콘다 베이스도 다 터미널에서 돌리고(conda update 이런거) 파이참도 바로가기 없어서 터미널에서 켰음. (파이썬 IDLE은 바로가기가 있는데 왜 파이참만...)

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아 그리고 바탕화면 그림은 바꿀 수 있는데 윈도처럼 바탕화면에 따라 작업표시줄 색 바꾸는건 안됨. 리누스씨 이 기능 빨리 넣어줘요

 

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언어

Python 3.8

언어는 가급적 최신꺼 쓰는 편. (R도 깔려는 있음)

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Module

-numpy

-sympy(+mpmath)

-scipy

-pandas

-matplotlib(부를때는 matplotlib.pyplot)

-Biopython

-sklearn

-tensorflow

-anaconda

(2022년 8월 21일 현재 request, Flask, pymongo 추가됨)

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아 NetworkX도 깔았음. 그래프(이산수학 그래프... 막대그래프는 matplotlib이나 seaborn 쓰세요) 그려준대서...

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아나콘다는 파이썬에서 소환하는 모듈은 아니고 뭐라고 해야되나... 저거 베이스로 깔아야 하는 모듈이나 IDE가 또 있음. sympy도 아나콘다 끼고 깔았던 것 같고... 심파이는 방정식 해주는건가 그렇고 scipy는... 뭐지 저거? 이봐요

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넘파이는 배열 만드는거고(가끔 바이오파이썬 하다보면 마려운 그거 맞음) 판다스는 데이터프레임, 그러니까 표 만드는겁니다. csv나 엑셀파일 불러와서 표 만드는것도 가능하고 불러와서 계산하고 피벗테이블마냥 그룹별로 묶는것도 됨. 쓰다보면 진짜 편합니다. Biopython은 바이오파이썬이고 matplotlib은 그래프 그려주는거고... (seaborn이 좋다고 하는데 안써봐서 모름)

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sklearn, tensorflow는 각각 머신러닝, 딥러닝 관련인데 이쪽은 뭐... 쓸 일이 있을 지 모르겠음. 사용법은 둘째치고 머신러닝이나 딥러닝이 어려워서 내장 데이터도 제대로 못 불렀음. ChEMBL에서 가져온 데이터 처리해서 써보려고 했더니 ChEMBL ID가 문자라서 인식을 못한다는데 ID도 빼줘야되냐고... OTL

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IDE

-pycharm

-Jupyter(lab, notebook)

-spyder

-R studio(교육때문에 깔았지만 딱히 쓰지는 않음)

(2022년 8월 21일 현재 VScode도 설치해서 사용중)

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spyder는 에리본씨 추천인데 한영키 안먹어서 뭐야 이거 왜이래요 했던거 드디어 해결봤고... ㄹㅇ 디자인 내 취향이었는데 거기서 막혀서 개고생했고... 바이오파이썬 할 때 고정적으로 쓰는건 파이참, 간단한건 IDLE(파이썬 깔면 IDLE도 따라옴), 간단한 코딩인데 IDLE에서 안될 것 같은건(예: 판다스 쿼리검색) jupyter로 돌린다. 저거 랩이랑 놋북 다 깔아야됩니다. (주파이터 랩 놋북 세개 깔아야됨)

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리눅스는 바로가기고 뭐고 공통적으로 터미널에서 소환하면 알아서 열리는데(jupyter notebook 치면 실행됨) 파이참은 pycharm 치면 안되고 파이참 설치 경로 찾아가서 쉘 스크립트 실행해줘야 한다(설치도 다른 IDE랑 좀 다름). 즉 다른 IDE는 터미널 키고

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spyder

jupyter lab

jupyter notebook

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이렇게 치면 바로 열리는데 파이참은

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cd /파이참 설치 경로/bin

sh pycharm.sh

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해야 열린다. 그나마 탭키 누르면 자동완성 돼서 망정이지... (IDLE은 바로가기도 있고 진짜 간단한거 아니면 IDLE은 안씀) 그래서 편한거는 스파이더랑 주파이터가 편함. 쳐주면 알아서 실행도 되겠다... 근데 spyder는 설치를 pip가 아니라 anaconda 경유해서 해야 하고 한글 입력하려면 셋업을 또 따로 해줘야 한다. 코드는 영어 아닌가 주석도 영어로 다시게요? 파이참은 바로가기 아이콘이 없는 문제가 있지만 일단 설치하고 쓰는 데 크게 지장이 있는 건 아니다. 뭐야 아이콘 돌려줘요

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셋업 면에서는 파이참 주파이터가 편하지만 실행 면에서는 스파이더 파이참이 편하다. 그리고 똑같은 다크테마여도 스파이더 다크테마가 내 취향임. (Jupyter는 다크모드 없는거같던디...) 주파이터는 랩보다 노트북을 더 많이 쓰는 편이다.

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참고로 파이참은 터미널에서 인스톨하는 게 아니라 파이참 페이지에서 tar파일 받아서 압축풀고 거기 경로 들어가서 쉘 스크립트 실행하는 게 끝이다. 그래서 버전업 할거면 새 파이참 tar파일 받아서 압축 풀고 거기 가서 쉘 스크립트 돌리면 된다.

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대부분 Jupyter 주피터로 읽는데 본인은 주파이터로 읽는다. python을 파이썬이라고 하잖음. 개발자는 뭐라고 읽나 궁금하네

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여담이지만 처음에 Jupyter notebook이라고 하길래 인공지능 돌릴 용도로 노트북을 따로 준비해야 하나 했음... 나중에 교육 실습에 주파이터 나와서 어? 저거? 하다가 찾아봤더니 Jupyter notebook이래서 충격받았다. 그게 그거였냐고 근데 인공지능은 서버에서 돌아가는데 노트북을 별도로 준비해야됨? 아니 귀하신 분이라 별도로 모셔뒀나 했지

 

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기타 툴

-ClustalW

-MUSCLE

-Gitkraken

-ATOM

(2022년 8월 21일 현재 MongoDB가 추가되었음)

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노션은 바이오파이썬 Q&A에서도 언급했듯 리눅스에서는 설치가 아니라 웹노션을 쓴다. (윈도우와 맥 버전은 설치 가능) 그래서 쓰고 있지만 설치한 건 아니므로 생략. 코딩한 거 정리할 때는 노션이 짱이다. 코드블럭이 있어...

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ClustalW와 MUSCLE은 MSA 툴인데 Biopython에서 돌리려면 깔아야 한대서 깔았더니 안돼서 걍 터미널로 돌리는 중. 역시 spyder나 jupyter 시리즈처럼 터미널에 clustalw, muscle 치면 실행된다. (muscle은 명령어 어떻게 치라고 나온다)

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Gitkraken은 본진에도 설치한건데, 깃헙 관련된 건 다 이쪽에서 처리한다. 저장소에는 파일 이동만 하고 풀 커밋 푸시는 깃크라켄 통해서 하는 중. 이것도 okky에서 추천받은 툴이다. 리눅스에서 풀 커밋 푸시는 터미널로 해도 되는데 그거보단 얘가 편함. 이사람 깃헙 있음

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ATOM에서 코드 쳐도 된다는데 본인은 오타 교정+자동완성이 되는 IDE가 편하다보니 그냥 글 쓸 때만 쓴다.