얘! clinvar도 EDA가 된단다! (3)

생각보다 분량은 없지만 일단 태블로로 넘어와봤다. 전에도 얘기했지만 염색체가 25개(상+성+미토)라고 했잖아요? 이거 25개를 일일이 파이썬으로 그리면 코딩하는 나도 고달프고 읽는 당신들도 고달프다. 근데 태블로에는 대시보드라는 게 있어요. 그래서 시트 만들고 대시보드에서 필터걸고 염색체별로 볼 수 있음. 파워포인트 애니메이션마냥 스무th합니다 움직임도.

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대시보드+스토리보드 구성

1페이지

각 염색체별... 그니까 1번, 2번 이런 식으로 볼 수 있다. 염색체별 변이 TOP 25(변이가 가장 많은 상위 25개), 염색체 내 유전자의 CLNSIG 및 CLVNC 비율이 들어가있다. 그러니까 파이썬에서 일일이 다 할 필요 없이 여기다가 필터 걸어두고 저 표에 있는 염색체 번호를 누르면 무슨 염색체 내에서 변이가 가장 많은 유전자(상위 25개), 염색체 내 변이 구성비를 볼 수 있다.

 

근데 저 밑에 있는건 뭐예요? 염색체+돌연변이로 조합하면 특정 염색체+특정 돌연변이로 상위 25개를 볼 수 있다.

 

저 25개만 보는게 염색체 단독으로는 잘 됐는데 돌연변이 끼니까 잘 안돼서 지피티한테 버스터콜쳤더니 애가 똥볼참. ㅡㅡ 거기다가 맥북 들고 스벅가기 해보고싶어서 스벅가서 했는데 앞사람이 완죤 티나게 짜증내서 대충 여기까지만 해결보고 왔음다...

 

2페이지

1페이지랑 두 개가 같은 구성인데, 이제 Pathogenic한 변이만 모아서 본 것이다. SNV TOP은 염색체별로 SNV가 가장 많은 유전자 상위 25개.

 

3페이지

그니까 태블로는 필터 기능이 있어요. 그리고 필터에서 와일드카드를 쓰면 검색도 가능합니다. 그럼 뭐 해보고 싶어요? 그죠. 유전자별로 보고싶잖아요. 저거 하나씩 있는거 일일이 파이썬에서 쿼리때리고 싶지 아니하잖아요. 물론 파이썬으로도 인풋이나 sys.stdin.readline() 쓰면 구현은 할 수 있겠지만 실행 누르기 귀찮잖아...

 

봐봐요 필터링이 된다니까?

 

근데 저게 문제가 하나 있음… Pathiogenic이 없으면 밑에 아무것도 안 뜹니다. 그니까 진짜 밑에 아무것도 안 뜸. 이걸 어떻게 처리를 해보려고 했는데 제미나이가 똥을 싸요 이번에는. 아이 이 에미나이. 그래서 걍 뒀습니다. 방법이 없어요 나도.

 

아 스크롤바 뵈기싫다 아