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RE with FLASK-시퀀스 정보 FASTA, Genbank파일을 처리할때와 달리 ipynb일때부터 직접 입력하는 시퀀스 정보는 수기로 같이 받았다. 추가가 늦었을 뿐이지... 입력란 만들면서 제일 고생했던 건 CSS였음... 망할 그리드... ㅡㅡ 아무튼. 추가한 순서는 1. HTML 2. CSS(여기서 좀 고생함) 3. JS 4. app.py JS나 Python파일은 크게 수정할 건 없고 Ajax로 주고받는 것만 추가하면 된다. checked_finder.forEach(function (i) { if (checked_finder[0].checked == true) { textarea[2].disabled = false; sequence_name.disabled = false; sequence_desc.disabled = false s.. 2022. 8. 23.
R 배워보기-8.4. Other interesting graphs 이 다음이 스크립트랑 함수파트인데... 함수 정의하고 스크립트 실행하는게 링크가 없다... 뭐 어쩌라는겨... 아 참고로 이번에도 라이브러리 하나 깔아야됩니다 install.packages("ellipse") ㅇㅋ ㄱㄱ Correlation matrix 사실 여기는 이거 하나밖에 없음...ㅋㅋㅋㅋㅋㅋ 근데 내가 이걸 어디서 본 것 같은디... (가물가물) > set.seed(955) > vvar wvar xvar yvar zvar data head(data) vvar wvar xvar yvar zvar 1 -4.252354 5.1219288 16.02193 -15.156368 -4.086904 2 1.702318 -1.3234340 15.83817 -24.063902 3.468423 3 4.323054 .. 2022. 8. 23.
R 배워보기-8.3. Basic graphs with standard graphics 참고로 이번꺼는 ggplot 안 데려와도 된다. 근데 라이브러리 깔긴 해야됨... install.packages("sm") install.packages("car") 네 두개 깔고 오세여. 히스토그램과 밀도 곡선 > set.seed(1) > rating=rnorm(200) > head(rating) [1] -0.6264538 0.1836433 -0.8356286 1.5952808 0.3295078 -0.8204684 > rating2=rnorm(200,mean=.8) > head(rating2) [1] 1.2094018 2.4888733 2.3865884 0.4690922 -1.4852355 3.2976616 다들 이쯤되면 알잖음? 히스토그램은 역사와 전통의 난수생성... > cond=factor(rep.. 2022. 8. 23.
R 배워보기-8.2. Miscellaneous 이거는 솔직히 8.1에 비하면 분량은 짧아요... 근데 ggplot은 불러야됨 그래프를 저⭐장 그래프 두갠가 그리긴 했음... 제주도 야채 서브셋으로... > pdf("plots.pdf") > plot(plot) 50건 이상의 경고들을 발견되었습니다 (이들 중 처음 50건을 확인하기 위해서는 warnings()를 이용하시길 바랍니다). > dev.off() pdf("파일명.pdf")만 쓰면 빈 pdf파일이 나오고 밑에 저장할 그래프를 하나씩 쓰면 페이지당 하나씩 저장된다. > pdf("plots.pdf") > plot(plot) 50건 이상의 경고들을 발견되었습니다 (이들 중 처음 50건을 확인하기 위해서는 warnings()를 이용하시길 바랍니다). > plot(plot2) 50건 이상의 경고들을 발견.. 2022. 8. 23.
R 배워보기-번외편: R로 standard curve 그리기 https://blog.naver.com/pokemonms/222606583751 Bradford assay 이게 뭐 하는거냐면 단백질 농도 보는 실험이다. 1. 뭐야 이거 어케해요 이게 Bradford assay용 시약이다.... blog.naver.com Bradford assay는 단백질의 무게를 확인하기 위해 진행하는 실험이다. Bradford assay용 시약을 섞고 OD595를 재면 되는데, 그러기 위해서 Standard curve가 필요하다. 일정한 무게의 단백질(BSA; Bovine serum albumin)을 용해한 다음 Bradford assay용 시약을 섞고 OD595를 측정하고, 이런 식으로 standard curve를 그린다. 이게 없으면 OD595를 재도 무게가 어느 정도인지 모.. 2022. 8. 22.
R의 내장 데이터 (부제: 공공데이터 어떻게 받아요?) 실습용 데이터는 어지간하면 가상으로 만드는 편이지만, R에는 내장데이터가 겁나 풍부하다. 무슨 패키지 깔면 데이터 드리는 수준... 오늘은 그래서 본인 컴퓨터에 있는 R 내장 데이터 목록을 싹 털었다. 덤으로 ggplot편에 나온 데이터 출처 가르쳐드림. 들어가기 전에 소환하고 싶은 내장 데이터가 있다면 > dat=data(BJsales) 걍 이렇게 부르면 된다. > data(baseball) 경고메시지(들): In data(baseball) : 데이터셋 ‘baseball’을 찾을 수 없습니다 # 라이브러리가 필요한 건 그냥 부르면 에러뜬다 > library(plyr) > data(baseball) # 라이브러리를 부르고 부르자 라이브러리가 있어야 하는 건 라이브러리 부르고 불러야된다.. Q. 그 데이터.. 2022. 8. 22.
R 배워보기-8.1. ggplot2로 그래프 그리기 (하) 그래프 제목(ggtitle()) 김후추씨의 조언대로 그래프를 만든 신입 데이터분석가. 그런데 문제가 하나 있다. "그래프에 제목을 넣고 싶은데... 어떻게 해야 할까요? " > ggplot(data=data_siseol,aes(x=채소구분소분류,y=생산량.톤.,fill=채소구분소분류))+geom_bar(stat="identity")+ggtitle("제주도 시설재배 야채 생산량") 이렇게요. > ggplot(data=data_siseol,aes(x=채소구분소분류,y=생산량.톤.,fill=채소구분소분류))+geom_bar(stat="identity")+ggtitle("제주도 시설재배 야채 생산량")+theme(plot.title=element_text(lineheight=1.5,face="bold")) 물론.. 2022. 8. 22.
R 배워보기-8.1. ggplot2로 그래프 그리기 (상) 참고로 말씀드리는거지만... 분량 ㄹㅇ 역대급임... 노션으로 거의 팔만대장경 나온 듯. 데이터 관련된 얘기는 다른 글에서 다루겠습니다. 들어가기 전에 install.packages("ggplot2") 혹시나... ggplot2가 껄려있지 않다... 깔고 오세요... > library(ggplot2) 어디가요 깔았으면 불러여지. 본인은 저기다가 아예 디렉토리까지 고정으로 박고 시작했다. 막대그래프(geom_bar()) 나 저 geom 자꾸 점으로 읽어... 클났음... 아무튼! 막대그래프를 그릴 때 쓸 공공데이터는 제주도의 야채 생산 현황에 대한 공공데이터이다. 연산 채소구분대분류 채소구분소분류 면적.ha. 생산량.톤. 조수입.백만원. 1 20-21 노지채소 월동무 5056 359575 106434 2 .. 2022. 8. 22.
RE with FLASK-Cutter/Finder 파일 관련 기능이 다 빠졌습니다. 아니 쓰는게 노가다여 아주. 둘 다 이식 하긴 했는데 다른데서 개고생함… ㅋㅋㅋㅋㅋ 그래요 개고생이 끼어야 코딩이지… 한번에 되면 그게 이상한거지… Cutter 그... 왜 Searcher에서 라디오버튼 선택하면 값 전송하는 건 다들 아실거고... 이걸 Cutter에도 적용해야 한다. 물론 Finder에도 적용할거다. 이게 왜 필요하냐면 입력 수단이 라디오버튼이기 때문. 그리고 라디오버튼에 각각 딸려오는 요소가 있어서, 연결된 라디오버튼이 선택되지 않았을 때 비활성화도 시켜줘야 한다. 이거 근데 Finder 가면서 소스 갈아엎음. ㅇㅇ function activate() { const checked_input = document.querySelectorAll('#typi.. 2022. 8. 22.
RE with FLASK-Searcher 이식하기 들어가기 전에 중요한 게 하나 있다. Cutter와 Finder도 내일 이식하긴 할건데, 내일 이식하는 부분에서 FASTA/Genbank 파일 올리는거랑 결과 저장 기능은 빠진다. 그래서 원본 코드에 있던 with 어쩌고를 일단 작성 없이 서버로 보내서 텍스트 에리어에서 출력하는 걸 일차적으로 진행하고 저장-업로드 순으로 할 예정. FASTA/Genbank는 JS로 파일 받아서 파이썬으로 넘겨서 열 생각인데 그거 관련해서 로직 처리가 좀 필요하고(뼈대를 보면 라디오 버튼이다) 반대로 텍스트 파일은 파이썬에서 만들어서 JS로 넘길 생각이다. 텍스트 파일은 만들어준 거 받아서 버튼 누르면 다운로드 되게 하면 끝임. 대공사 전에... 일단 공사 전인 Searcher의 뼈대를 보자. 원래 코드에서 입력으로 받던.. 2022. 8. 22.
RE with FLASK-뼈대 대공사 아, RE는 Restriction enzyme이다. 기본뼈대 app.py from flask import Flask,render_template import pandas as pd import re from datetime import datetime from argparse import FileType import tkinter from tkinter import filedialog from Bio import SeqIO import os import platform app = Flask(__name__) @app.route('/') def hello_world(): # put application's code here return render_template('index.html') if __name.. 2022. 8. 22.
Wordcloud with FLASK-뼈대 대공사 (3) Entrez쪽 뼈대 만든거랑 버튼 얘기 있으니까 기둘려보시오 Entrez with wordcloud 뼈대 이 뼈대가 완전한 건 아닌게 글꼴 선택란이 없음.. 지금 생각중인건 어비 스윗체/둘기마요/나눔고딕정도... 아무튼 Entrez with wordcloud 뼈대도 만들었음. 출력부는 별 차이 없고, 얘는 입력 인자가 검색어랑 논문 갯수뿐이라 입력란이 간소하다. 지금은 논문 개수 입력하는 란이 없는데 그건 나중에 만들면 되고… Sample text 버튼 Text with wordcloud는 찍먹이나 해보자 하는 분들을 위한 샘플 텍스트를 제공하고 있다. 한글 2 영어 2 생각중인데 영어 하나 제보좀 해주세요… 샘플 텍스트(윤동주-별 헤는 밤) 샘플 텍스트(이육사-청포도) 샘플 텍스트 3 샘플 텍스트 4 .. 2022. 8. 22.

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