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Biopython으로 시퀀스 가져오기 Coding/Python

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Biopython으로 시퀀스 가져오기 Coding/Python 참고로 다른 코딩글은 여기다가 안 올린다. 코드블럭도 없고 카테고리도 없어서 어지간한 코딩 이야기는 노션과 워드프레스에 올리는 중... 아니면 미디움이나. 근데 이건 우째도 올렸네? 아 생물학 카테고리가 있잖아요. Biopython은 생물정보학에서 쓰는건데 마침 심심하던 차에 잘됐다 써봐야징 해서 어제 깔았다. 리눅스의 경우 pip install bio(안되면 biopython)으로 걍 터미널에서 깔면 된다(우분투 20.02 LTS 기준). 윈도우마냥 pip 있는 데 안 찾아가도 됨 ㄹㅇ 편함. 근데 파이참 바로가기 없는 건 너무한 거 아니냐고... 내가 터미널 열고 직접 모시러 가야것냐... *Notes: Biopython을 사용하려면 사용할 기능에 맞는 모듈을 모셔와야 한다. 코드에 그게 생략되는 경..

R 배워보기-5. 데이터 불러오고 쓰기 Coding/R

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R 배워보기-5. 데이터 불러오고 쓰기 Coding/R read.csv() data data=read.csv("http://www.cookbook-r.com/Data_input_and_output/Loading_data_from_a_file/datafile.csv") > data First Last Sex Number 1 Currer Bell F 2 2 Dr. Seuss M 49 3 Student 21 웹에서 가져오는 것도 된다. read.table() data data=read.table("http://www.cookbook-r.com/Data_input_and_output/Loading_data_from_a_file/datafile.csv",strip.white=TRUE) > data V1 V2 1 First ,"Last","Sex","Number" 2 ..

번외편-R로 미적분 하기 Coding/R

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번외편-R로 미적분 하기 Coding/R 하는김에 어? 이거 되나? 해서 찾아봄. 미분 > f D(f,"x") a * (5 * x^4) + b * (2 * x) 미분은 이런 식으로 한다. 근데 계산은 안 해준다. 믿고보는 알파신이 짱이다 > f D(f,"x") exp(x) y=e^x를 미분하면 이게 정상이다. 으아아 미분했는데 왜 그대로야 정상입니다 손님 편미분 마려워요? > f D(f,'x') 2 * x * y^2 + 2 * y # x로 미분해주세요 > D(f,'y') x^2 * (2 * y) + 2 * x + 1 # y로 미분해주세요 저 D에서 기호를 바꿔주면 알아서 편미분이 된단다. 위 코드는 각각 x로 한 번, y로 한 번 미분한 결과. (그러니까 어쨌든 한 번 미분했다) > D(D(f,'x'),'y') 2 * x * (2 * y) + ..

R 배워보기-4. 공식 Coding/R

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R 배워보기-4. 공식 Coding/R 공식 번외편도 따로 나갑니다. as.formula() y~x y ~ x 이놈은 문자고 as.formula("y~x") y ~ x 이놈은 공식이다. 뭔 차이인지는 모르겠다. > measurevar="y" > groupvars=c("x1","x2","x3") paste(measurevar,paste(groupvars,collapse="+"),sep="=") [1] "y=x1+x2+x3" 이놈도 문자인데 as.formula(paste(measurevar, paste(groupvars, collapse=" + "), sep=" ~ ")) y ~ x1 + x2 + x3 이놈은 공식이다. 역시 뭔 차이인지 모른다. 공식의 구조 t=y~x1+x2 이렇게 공식을 만들어서 확인해보면(아, 참고로 f=as.formula(..

R 배워보기-3. 문자열 Coding/R

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R 배워보기-3. 문자열 Coding/R 쿡북 분량은 일단 짧다. 다음것도 짧다. grep() v=c("피카츄","피츄","라이츄","에몽가","따라큐") w=c("Alticuno","moltres","zapdos","lugia","Ho-oh") 참고로 오늘의 시범조교다. grep("따라큐",v) [1] 5 grep은 문자를 찾아주는 함수. grep("alticuno",w) integer(0) ...인데 대소문자를 가린다. grep("alticuno",w,ignore.case=TRUE) [1] 1 그래서 ignore.case=TRUE를 줘야 대소문자 상관 없이 찾아준다. ^와 $ 각각 문자의 시작과 끝을 지정해서 찾아주는 것. grep("^피",v) [1] 1 2 # 시작 문자 지정하기 grep("츄$",v) [1] 1 2 3 # 끝 문자 지정..

R 배워보기-2. Numbers Coding/R

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R 배워보기-2. Numbers Coding/R 파이썬에서는 똑같은 걸 해보려면 모듈을 불러야 하는데 얘는 모듈 X까! 걍 해! 같은 느낌... 이 다음편 문자열인데 분량 개짧습니다(스포일러) 난수 만들기 runif(1) [1] 0.7232427 runif()를 쓰면 0부터 1까지 중 아무 숫자나 하나 출력한다. runif(4) [1] 0.8477728 0.4359127 0.4291748 0.4625472 저 괄호 안에 숫자는 범위가 아니고 개수 지정하는거다. runif(5,min=0,max=100) [1] 87.75978 48.65714 87.73802 18.87537 75.90590 범위는 이런 식으로 지정한다. floor(runif(6,min=0,max=7)) [1] 1 4 6 4 4 4 소수점 떼뿌라!!! floor는 밑에 설명할건데 그거 보면..

R 배워보기-1. Basics Coding/R

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R 배워보기-1. Basics Coding/R 이거 미디움에도 올려야하나 좀 고민인게 일단 쿡북 분량이 생각보다 좀 되고 미디움에는 코드블럭이 없음... 네? 설치요? 구글가서 R 설치하는법 찾아보세요. R studio도 같이 깔아야됨. Python과의 차이점 1) Python과 달리 R은 인덱스 번호가 1부터 시작이다 2) 음수 인덱싱이 Python과 달리 빼고 출력하라는 의미이다(파이썬은 맨 뒤에꺼 달라는 얘기) 3) Python pandas는 기본적으로 결측값을 빼고 계산하지만 R은 결측값을 넣은 상태에서 계산한다. 물론 둘 다 반대로 설정하는 옵션이 존재. 4) R은 결측값을 서브셋 이용해서 대체할 수는 있지만 dropna()같은 기능은 없는 듯 하다. Data Indexing v = c(1,2,4,8,16,32) 일단 벡터는 이런 식이다. ..

정렬 알고리즘 Coding/코딩잡담

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정렬 알고리즘 Coding/코딩잡담 알고리즘이 문제를 푸는 방법이라고 했는데, 그러면 정렬 알고리즘은 뭘 정렬하기 위한 방법이겠지? 네, 맞습니다. 이것도 여러가지가 있는데 대표적인 것 다섯가지만 일단 알아보자. 코드와 알고리즘 관련 설명은 https://velog.io/@jguuun/%EC%A0%95%EB%A0%AC-%EC%95%8C%EA%B3%A0%EB%A6%AC%EC%A6%98 정렬 알고리즘 종류와 설명(파이썬 예제) 정렬은 데이터를 순차적으로 나열하는 방법으로 정렬 알고리즘 별로 수행 성능이 크게 차이납니다. 버블 정렬, 삽입 정렬, 선택 정렬, 병합 정렬, 퀵 정렬을 설명드립니다. velog.io 여기서 볼 수 있다. 버블 정렬 a = [80, 58, 66, 100, 71, 39, 89, 67, 25, 9] def bubble_s..

쿼리와 SQL Coding/코딩잡담

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쿼리와 SQL Coding/코딩잡담 본인쟝... 이래뵈도 몽고DB 이전에 액세스(odbc)와 MySQL(jdbc)를 썼었다. 근데 데이터베이스를 쓰다보면 쿼리 어쩌고 하는데, 쿼리가 뭔지 모르겠는겨. 그렇게 걍 쓰다가 전전직장에서 친해진 개발자님에게 쿼리가 뭔지 물어봤다. 본인: 쿼리가 뭐예요? 개발자님: 데이터베이스에 접근해서 뭐 해달라고 요청하는거요. 진짜 이게 쿼리임. 근데 데이터베이스가 뭔데 거기에 접근해서 뭘 해달라고 하는것인가... 데이터베이스는 '데이터'의 집합체라고 보면 된다. 그리고 데이터는 우리가 생각하는 그 데이터가 맞다. 핸드폰 요금제 말고... 예? 그 데이터 생각하셨다고요? 아 그럼 일단 데이터에 대해 설명을 좀 하고 가겠음. 데이터? 데이터는 문자, 그림, 소리 등으로 이루어져 있는데 크게 질적 데이터와 양적 데..

지금까지 썼던 IDE&에디터 풀어봄 Coding/코딩잡담

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지금까지 썼던 IDE&에디터 풀어봄 Coding/코딩잡담 참고로 따로 분류는 하지 않지만 원래 IDE가 아닌데 코딩용으로 쓰는 게 있습니다. 예를 들자면 VScode. ATOM 텍스트 에디터고 보통은 윈도나 리눅스나 괴담수사대 집필용으로 쓰고 있음. 가끔 py파일 수정할 때 쓰기도 하고... 본인 막코딩 잘 안합니다. VScode 얘도 텍스트 에디터임. (충격) 일단 얘는 웹버전이 있는데 웹버전에서는 코드 실행은 안되고 작성이 돼서 윈도에서는 웹버전 VScode에서 작성하고 web ide로 돌려보는 식으로 쓰고 있음. 실행하는 법도 개편한데 리눅스 기준으로 터미널에서 code 부르던가 시작메뉴 비슷한 거기 아이콘이 있어서 걍 그거 누르면 됩니다. 진짜 실행이 이렇게 개친절할 수가 없어요. 심지어 실행도 빨리 돼. 근데 요즘 노트북 문제인건지 코드 치다가 커서 ..

백준 10989번 풀이 BOJ/[BOJ] Python

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백준 10989번 풀이 BOJ/[BOJ] Python 문제 https://www.acmicpc.net/problem/10989 10989번: 수 정렬하기 3 첫째 줄에 수의 개수 N(1 ≤ N ≤ 10,000,000)이 주어진다. 둘째 줄부터 N개의 줄에는 수가 주어진다. 이 수는 10,000보다 작거나 같은 자연수이다. www.acmicpc.net 카운팅 정렬로 숫자 정렬하는 문제. 그러나 이 문제에는 함정카드가 하나 있다. (대충 함정좌 짤) 메모리 제한이 8MB밖에 안된다. 자바랑 코틀린만 많이 준다. Reference https://8iggy.tistory.com/123 카운팅 정렬(Counting Sort, 계수 정렬) 알고리즘 읽기 전 불필요한 코드나 잘못 작성된 내용에 대한 지적은 언제나 환영합니다. 개인적으로 사용해보면서 배운 점을 정리한 글..

백준 2750번 풀이 BOJ/[BOJ] Python

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백준 2750번 풀이 BOJ/[BOJ] Python 문제 https://www.acmicpc.net/problem/2750 2750번: 수 정렬하기 첫째 줄에 수의 개수 N(1 ≤ N ≤ 1,000)이 주어진다. 둘째 줄부터 N개의 줄에는 수 주어진다. 이 수는 절댓값이 1,000보다 작거나 같은 정수이다. 수는 중복되지 않는다. www.acmicpc.net 주어진 수를 오름차순으로 정렬하기(2751번도 같은 문제인데 버블/선택/삽입으로는 시간초과 뜬다) 풀이 정렬 알고리즘과 관련된 이론적인 설명은 아래를 참고할 것. https://koreanraichu.sfuhost.com/2022/6650/ 정렬 알고리즘 – 인생 그것은 귀차니즘의 연속 알고리즘이 문제를 푸는 방법이라고 했는데, 그러면 정렬 알고리즘은 뭘 정렬하기 위한 방법이겠지? 네, 맞습니다. 이..
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