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RE with FLASK-Cutter/Finder
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RE with FLASK-Cutter/Finder
Coding/Python
파일 관련 기능이 다 빠졌습니다. 아니 쓰는게 노가다여 아주. 둘 다 이식 하긴 했는데 다른데서 개고생함… ㅋㅋㅋㅋㅋ 그래요 개고생이 끼어야 코딩이지… 한번에 되면 그게 이상한거지… Cutter 그... 왜 Searcher에서 라디오버튼 선택하면 값 전송하는 건 다들 아실거고... 이걸 Cutter에도 적용해야 한다. 물론 Finder에도 적용할거다. 이게 왜 필요하냐면 입력 수단이 라디오버튼이기 때문. 그리고 라디오버튼에 각각 딸려오는 요소가 있어서, 연결된 라디오버튼이 선택되지 않았을 때 비활성화도 시켜줘야 한다. 이거 근데 Finder 가면서 소스 갈아엎음. ㅇㅇ function activate() { const checked_input = document.querySelectorAll('#typi..
RE with FLASK-Searcher 이식하기
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RE with FLASK-Searcher 이식하기
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들어가기 전에 중요한 게 하나 있다. Cutter와 Finder도 내일 이식하긴 할건데, 내일 이식하는 부분에서 FASTA/Genbank 파일 올리는거랑 결과 저장 기능은 빠진다. 그래서 원본 코드에 있던 with 어쩌고를 일단 작성 없이 서버로 보내서 텍스트 에리어에서 출력하는 걸 일차적으로 진행하고 저장-업로드 순으로 할 예정. FASTA/Genbank는 JS로 파일 받아서 파이썬으로 넘겨서 열 생각인데 그거 관련해서 로직 처리가 좀 필요하고(뼈대를 보면 라디오 버튼이다) 반대로 텍스트 파일은 파이썬에서 만들어서 JS로 넘길 생각이다. 텍스트 파일은 만들어준 거 받아서 버튼 누르면 다운로드 되게 하면 끝임. 대공사 전에... 일단 공사 전인 Searcher의 뼈대를 보자. 원래 코드에서 입력으로 받던..
RE with FLASK-뼈대 대공사
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RE with FLASK-뼈대 대공사
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아, RE는 Restriction enzyme이다. 기본뼈대 app.py from flask import Flask,render_template import pandas as pd import re from datetime import datetime from argparse import FileType import tkinter from tkinter import filedialog from Bio import SeqIO import os import platform app = Flask(__name__) @app.route('/') def hello_world(): # put application's code here return render_template('index.html') if __name..
Wordcloud with FLASK-뼈대 대공사 (3)
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Wordcloud with FLASK-뼈대 대공사 (3)
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Entrez쪽 뼈대 만든거랑 버튼 얘기 있으니까 기둘려보시오 Entrez with wordcloud 뼈대 이 뼈대가 완전한 건 아닌게 글꼴 선택란이 없음.. 지금 생각중인건 어비 스윗체/둘기마요/나눔고딕정도... 아무튼 Entrez with wordcloud 뼈대도 만들었음. 출력부는 별 차이 없고, 얘는 입력 인자가 검색어랑 논문 갯수뿐이라 입력란이 간소하다. 지금은 논문 개수 입력하는 란이 없는데 그건 나중에 만들면 되고… Sample text 버튼 Text with wordcloud는 찍먹이나 해보자 하는 분들을 위한 샘플 텍스트를 제공하고 있다. 한글 2 영어 2 생각중인데 영어 하나 제보좀 해주세요… 샘플 텍스트(윤동주-별 헤는 밤) 샘플 텍스트(이육사-청포도) 샘플 텍스트 3 샘플 텍스트 4 ..
경로때문에 개노가다 한 썰 푼다
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경로때문에 개노가다 한 썰 푼다
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일단 개고생한 이유를 축약해드리자면... 1. 윈도우에서는 폰트 저장 경로(C:\Windows\Fonts)에 있는 걸 갖다 쓰는 게 아니라 TTF, OTF파일이 있는 경로를 직접 입력해야 갖다 쓸 수 있음. 2. 근데 리눅스는 폰트 저장 경로(/usr/share/fonts)에서 선택해서 쓸 수 있음. 그래서 개고생했습니다. OS = platform.platform() if 'Linux' in OS: default_dir = '/home' root = tkinter.Tk() root.withdraw() font_dir = '/usr/share/fonts' font_path = filedialog.askopenfilename(parent=root, initialdir=font_dir, title='Choos..
Wordcloud with FLASK-뼈대 대공사 (2)
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Wordcloud with FLASK-뼈대 대공사 (2)
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워드클라우드부터 해서 진짜 얘까지 개 노가다의 연속이었음... 그래도 이거 미리 해놔서 Entrez는 입력부만 조금 수정하면 됩니다. 워드클라우드 경로 썰은 다른 포스트에서 풀어드림. 이게 길어서 한번에 캡처 못했음다. 입력부의 각 기능 1. 텍스트 입력란(샘플 텍스트도 있음): 샘플 텍스트는 현재 한글 두개(별 헤는 밤, 청포도)랑 영어 하나(미정)를 생각중이며, 버튼을 누르면 샘플 텍스트가 텍스트에리어에 입력된다. 길면 잘 뽑히긴 한데 영어는 뭘 해야 할 지 모르겠음. 아니 그렇다고 하이 잭 하이 마이크 하와유 이딴걸 할 순 없잖수. 논문 해 논문 2. 컬러맵 선택(이따 이미지 올려드림): 이건 밑에 털어드림. 3. 마스킹이미지 ㄱㄱ: 이미지 안 쓴다는 선택지는 없음. 4. 언어 선택(한국어는 kon..
Wordcloud/RE 경로 관련 코드 수정
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Wordcloud/RE 경로 관련 코드 수정
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아니 나도 몰랐는데 파이썬으로 OS 정보를 볼 수 있더라? 근데 맥은 내가 가지고 있는 기기가 없어서 못봤음... import platform 일단 이놈을 데려온 다음 print(platform.platform()) 을 치면 자기 컴퓨터의 OS 정보를 볼 수 있다. 그래서 이걸 어떻게 수정했냐면 OS = platform.platform() if 'Linux' in OS: default_dir = '/home' font_dir = '/usr/share/fonts' else: default_dir = 'C:\\' font_dir = 'C:\\Fonts' OS 정보를 가져와서 리눅스면 기본 경로를 이렇게 하고, 아니면(윈도우면) 이렇게 해라 이렇게 했다. 위 코드는 워드클라우드고 제한효소쪽은 파일 불러오는것 ..
Wordcloud with FLASK-뼈대 대공사
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Wordcloud with FLASK-뼈대 대공사
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일단... 현재 완성된 부분이 여긴데 어바웃 페이지만 된다. 입력받는 란은 아직 안함. 현재 구현된 기능 1) 탭 메뉴(어바웃 페이지/텍스트/엔트레즈 탭) 2) 어바웃페이지 app.py from flask import Flask, render_template from Bio import Entrez from wordcloud import WordCloud from wordcloud import STOPWORDS import matplotlib.pyplot as plot from PIL import Image import numpy as np from argparse import FileType import tkinter from tkinter import filedialog import re from k..
대형프로젝트 계획중
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대형프로젝트 계획중
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한가지 확실한 건 이건 진짜 개노가다가 맞음. 블로그를 좀 오래 전부터 보신 분들은 아시겠지만 깃헙에 유일하게 폴더로 분리된 대형 프로젝트가 두 개 있다. 첫번째가 프로젝트 제한효소, 두번째가 프로젝트 워드클라우드. 근데 이게 쌩코드가 올라와서 이걸 복사해서 수정해서 또 올려야되는데 귀찮아요... 그래서 Flask로 웹이랑 묶으려고 생각중이다. (프로젝트 제한효소는 DB로 쓰는 csv파일도 포함) 근데 또 고려할 게 생겼어...OTL 1) 코드 통합 문제 프로젝트 워드클라우드의 경우 한글/영어/Entrez 세 개의 코드가 있고, 프로젝트 제한효소에는 커터/파인더/서쳐 세 개의 코드가 있다. 프로젝트 제한효소는 세 코드가 사용 목적이 다 달라서 통합은 안되고, 한 페이지 안에서 세개를 다 띄우려면 아코디언..
input vs sys.stdin.readline()
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input vs sys.stdin.readline()
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예에에에에전에 백준 18108번 풀이를 올렸을 때 댓글로 질문이 하나 왔었다. input()대신 sys.stdin.realine()을 쓰는 이유를 알 수 있나요? 백준에서 빠르다고 해서 쓰고 있었음... 아니 농담 아니고 진짜다. 반복문 이런거 잘못 짜면 응애 나 애기시간초과! 가 반기는데 다른데서라도 시간 줄여야져... 일단 둘 다 입력 받을 때 쓰는 게 맞다. input() #input import sys sys.stdin.readline() #sys.stdin.readline() 각각 이렇게 쓰면 된다. 근데 이렇게만 해 두면 왜 쟤가 빠른지 체감이 잘 안 올 것이다. 우리가 input()을 쓸 때는 저렇게 쓰는 것 보단 input('메시지를 입력해주세요') 이런 식으로 쓴다. 이 때, 저 안에 있..
Python으로 JSON파일 읽기
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Python으로 JSON파일 읽기
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JSON은 JavaScript Object Notation을 줄인 것으로, 보통 제이슨으로 읽는다. 일반적으로 클라이언트가 서버에서 가져오는 데이터는 이 형식이고, 현재 표준 형식으로 많이 쓰이고 있다. 원류는 자바스크립트지만 현재는 언어 독립적인 개별 포맷. 그러니까 누가 제이슨 파일 주세요 하면 JSON파일 달라는거지 제이슨씨 파일 주세요가 아니다 남의 파일을 왜 달라고 해 키-값 쌍으로 이루어진 데이터를 텍스트 형태로 기록해둔 것이라 휴먼 가독성은 좋다. 오늘의 도우미 { "Water": { "molecular weight": "18.016", "molecular formula": "H2O" }, "Ethanol": { "molecular weight": "46.07", "molecular fo..
재귀함수가 돌아가는 방식을 알아보자
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재귀함수가 돌아가는 방식을 알아보자
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재귀함수는 정의할 때 자기자신을 재참조한다고 했는데, 정의하는데 자기자신이 들어가면 대체 어떻게 돌아가는지 알아보자. 라이츄가 라이츄를 꺼내고 그 라이츄가 라이츄를 꺼내고 팩토리얼 def factorial(n): if n == 0: return 1 return n * factorial(n-1) 5!을 저걸로 계산하게 되면 1. factorial(5) = 5 * factorial(4) 2. factorial(4) = 4 * factorial(3) 3. factorial(3) = 3 * factorial(2) 4. factorial(2) = 2 * factorial(1) 5. factorial(1) = 1 * factorial(0) 6. factorial(0) = 1 7. 오케이 가릿 여기까지 왔더니 fac..
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