https://koreanraichu.tistory.com/824 한타바이러스의 시퀀스를 받아서 MSA를 해보자 (전편)https://koreanraichu.tistory.com/79 Biopython으로 MSA 해보기MSA: multiple sequence alignment 여기에 관한 이론적인 설명은 나중에 또 입 털어드림 ㅇㅇ 아 참고로 MSA 관련해서 다른건 다 결과가 제대로 나왔는데koreanraichu.tistory.com우리 여기서 MSA 돌릴 FASTA파일 저장했죠? 후편에서는 그걸로 분석을 돌릴건데… 아… 이거 트리땜에 개노가다했음… 그것도 트리 얘기하면서 얘기해드리겠음.# 바이러스 DNA가 세그먼트별로 섞여있습니다. (S, M, L)# 이거 분류 안하면 MSA 뻑나요. s_segment..

https://koreanraichu.tistory.com/79 Biopython으로 MSA 해보기MSA: multiple sequence alignment 여기에 관한 이론적인 설명은 나중에 또 입 털어드림 ㅇㅇ 아 참고로 MSA 관련해서 다른건 다 결과가 제대로 나왔는데 툴 관련해서 결과가 안나왔어요 이게 암만 찾아도koreanraichu.tistory.com여기서 MSA 해볼때 clustalW랑 muscle 안돼서 못했잖아요? 경로 입력해야되는데 리눅스 경로가 어디있는지 안나옴+which 몰라서. 근데 맥이나 리눅스에서는 which를 써서 설치 경로를 찾을 수 있습니다. 그러니까 해보자 이거임.배경뜬금없이 바이러스가 왜 나왔는가… 생물정보학 하면 보통은 유전자 시퀀싱 많이 하죠? 근데 뽑아서 시퀀싱..

셀레늄 배운김에 함 해봤음. 일단 클린바가 뭐냐면 유전적 변이와 인간의 표현형(phenotype)과의 관계에 대한 데이터를 수집하여 보관하는 데이터베이스이다. 이 코드를 매일 돌릴 필요는 없지만, 얘네가 데이터베이스다보니 주기적으로 업데이트를 함. 그니까 최신정보가 필요할때 쓰시면 되겠다.from selenium import webdriverfrom selenium.webdriver.common.by import Byfrom selenium.webdriver.support.ui import Select# 웹드라이버 실행driver = webdriver.Chrome() # 구글 크롬driver.get('https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/') # Clinvar 접속print(..

그… 시계열 데이터를 아십니까? 가로축이 시간인 데이터라고 보면 된다. 예를 들자면 나는 오늘 얼마나 걸었는가, 어제랑 비교해서는 얼마나 걸었는가, 얼마나 퍼잤는가, 오늘 삼전은 몇만전자인가(…) 뭐 그런거 말이다. 시계열의 대표적인 예시가 주식이다. 아니 오늘 판다스 통계분석을 하는데 diff()가 나온거임. 이게 뭐냐면 차분이거든요? 이 차분이 뭐냐면... 시계열 데이터는 슈뢰딩거도 무덤에서 기함할 정도로 평균과 분산이 아주 널을 뛰기때문에 이걸 정상화할 필요가 있는데, 그 정상화 절차다. 그리고 ARIMA에서 I를 맡고 있지. 그럼 AR이랑 MA는 뭔데요? AR은 자기상관이고 MA는 이동평균이다. 이동평균은 또 뭔데요? 12345 있으면 123 234 345 이런식으로 범위를 옮겨가면서 평균 내는 ..

Pandas를 쓰시는 분들이라면 한번쯤 보셨… 아냐 이건 한번 본 정도가 아니라 판다스 만질 일 있으면 엄청 써보는거임… 특히 저 앞에 두개요. 진짜 엄청 써봅니다. 근데 둘이 무슨 차이인지 모르시겠다고? 그럼 잘 오셨음.시리즈, 그리고 데이터프레임시리즈가 모이면 데이터프레임이 된다는 건 아실것이다. 그 대충 문발 생각하시면 된다. 구슬을 꿰어서 세로로 한 줄(시리즈)을 만들고, 그걸 가로로 엮어서 문발(데이터프레임)을 만든다. 그리고 저 네개를 데이터프레임에서 뭐 찾을 때 쓰는데 어떨 때 쓰느냐…loc, iloc이 두개는 데이터프레임에서 행단위로 찝을 때 사용한다. 그니까 저걸 쓰면 어떻게 나오냐... 그 비즈 문발 보시면 세로로 꿴 구슬을 가로로 엮어서 2차원 평면을 만들잖아요? 그 문발을 보면 구슬..

쉬는시간에 시간 애껴서 만들었음… 아니 근데 솔직히 재밌어보이지 않습니까?import numpy as npimport random일단 이거 돌리려면 넘파이가 설치되어 있어야 한다. 일단 개발은 3.10에서 하긴 했는데 뭐 버전타는건 없겠지… 있으면 큰일난다… 나 3.10에서만 돌려봄… # OOP 서타일은 클래스에서 시작이여class Bingo: # 기본값은 5*5(기본 범위는 25) def __init__(self, size = 5, n = 25): self.size = size self.bingo_max = n self.bingo_range = range(1, self.bingo_max + 1) self.board = None s..

안티그래비티가 뭐냐고요? https://antigravity.google/ Google AntigravityGoogle Antigravity - Build the new wayantigravity.google이건데, 얘가 있으면 바이브 코딩을 코드 복붙 없이도 할 수 있다. 완전 개신세계임 진짜로.제미나이 구독을 안 했기 때문에 최대한 디테랄을 해주도록 하겠다… 지시문의 내용은 1. 감마펑션 코드 위치(감마펑션이 따로 있음)2. 감마펑션이랑 팩토리얼(재귀함수)를 어떻게 OOP 서타일로 구성할건지 이냥반이 클래스 때려박는다고 다 OOP인 줄 아네 3. 팩토리얼, 감마펑션의 처리 조건(감마 n = n-1!인 것, 그리고 분기) 이렇게 들어가있다. 요로코롬 애가 생각을 한다. 필요한 패키지요? 알아서 다 설치..

일단 이거 어제 부트캠프에서 한거고 깃헙에는 코드가 올라가있음. 근데 왜 글은 오늘 올리느냐... 두 가지 이유가 있는데 일단 요즘 레전자 DLC 미느냐고 바쁘고, 미디움은 하루에 글 세개인가 제한이 있습니다… 목욜에 제한 넘겨서 하나 금욜에 올렸는데 이것도 금욜에 올렸다간 제때 못올라감…힙 정렬을 하기 위해서는 힙 트리에 대해 먼저 알아야 하는데, 이거는 트리는 트리인데 일단 완전 이진 트리(자식이 최대 두 개인 트리)이다. 그리고 항상 루트에 최댓값(최대 힙) 혹은 최솟값(최소 힙)이 들어가있어서 최댓값 찾기는 개빨리끝남. 여기서는 어떻게 구현했냐면1. 트리 뼈대를 만든 다음(리스트를 주면 리스트 길이에 따라서 완전 이진 트리가 생성됨)2. 그 트리 안에 있는 리스트를 힙 트리로 만들건데(최대 힙),..

트리를 탐색하는 방식이다. 방식인데 이제 하나는 수직으로 가고(DFS), 다른 하나는 수평으로 가는(BFS) 방식이다. 둘 다 공통적으로 없는 길을 만들어서 가지 않고, 모든 트리를 순회하는데 그냥 순서가 다소 다른 것 뿐이다. 참고로 오늘 올리는 건 특정 노드를 찾아가는 게 아니라 전체 순회다. 특정 노드만 찾는건 나중에 레전자 DLC 다 밀고 시간 좀 되면 해드림… 지금 DLC 미느냐고 정신없다…공통: 트리 생성# 트리도 연결 리스트로 만든다...# 그래서 노드class Node: def __init__ (self, _value): # 관리할 값 self.value = _value # 부모 self.parent = None # 자식 ..

전에 연결 리스트를 올렸었는데, 이게 이중 연결 리스트가 또 있다. 이건 뭐냐고? 연결 리스트인데 내 위로 내 밑으로 뭐가 있는지를 다 갖고 있는 연결 리스트다. 머리꼬리가 다 있는 게 특징. 노드# 노드class Node: def __init__(self, _value): # 값 self.value = _value # 이전/다음 노드 self.prevnode = None self.nextnode = None여기는 뭐 볼 거 없고, 노드가 담고 있는 것들만 있음… 진짜는 지금부터입니다, 휴먼. 이중 연결 리스트# 이닛def __init__(self): # 장암역(머리?) self.head = Node(0) # 석남역(꼬리..

https://koreanraichu.tistory.com/798 스택과 큐를 구현해보자스택여러분들 한번씩은 다 그런 경험이 있을 것이다. 다른 사람이랑 장을 보건, 혼자서 장을 보건 집에 오면서 먹을 간식을 하나 사게 되는데, 계산을 마치고 간식을 먹으려고 봤더니 에엥? 간식koreanraichu.tistory.com여기서 간단하게 스택과 큐를 구현해봤는데, 이걸 연결 리스트로도 한번 구현해보자. 제목이 익숙하다고요? 록셰프 맞음... 요즘 냉부에 안나오시는데 돌아와요 록셰프... 어록 남겨줘요...스택기본 골자는 다들 아시죠? 아이 이전 글 읽었으면 알 수 있어... 거기에 다 있어... # 노드class Node: def __init__ (self, _value): # 값 ..

https://koreanraichu.tistory.com/312 Python으로 연결 리스트 구현하기https://koreanraichu.tistory.com/311 연결 리스트 JS는 토이프로젝트 해야 하는데 뭐 또 생각나면 만들겠음... 솔직히 프론트엔드가 쓸 일은 없겠지만 알아서 나쁠거 없잖아요? 아무튼. 배열은 만들 때 메koreanraichu.tistory.com부트캠프 들으면서 얘를 구현해 볼 기회가 또 생겼음. 전에 했던것보다 훨배 복잡한거라 들고 왔습니다. 아마 다음에 올리는건 트리랑 그래프정도?# 노드class Node: # 뾰로롱 def __init__ (self, _value): self.value = _value self.nextnode = No..