인생은 언제나 Try and Except

R 배워보기-번외편: R로 standard curve 그리기 Coding/R

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R 배워보기-번외편: R로 standard curve 그리기 Coding/R https://blog.naver.com/pokemonms/222606583751 Bradford assay 이게 뭐 하는거냐면 단백질 농도 보는 실험이다. 1. 뭐야 이거 어케해요 이게 Bradford assay용 시약이다.... blog.naver.com Bradford assay는 단백질의 무게를 확인하기 위해 진행하는 실험이다. Bradford assay용 시약을 섞고 OD595를 재면 되는데, 그러기 위해서 Standard curve가 필요하다. 일정한 무게의 단백질(BSA; Bovine serum albumin)을 용해한 다음 Bradford assay용 시약을 섞고 OD595를 측정하고, 이런 식으로 standard curve를 그린다. 이게 없으면 OD595를 재도 무게가 어느 정도인지 모..

R의 내장 데이터 (부제: 공공데이터 어떻게 받아요?) Coding/R

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R의 내장 데이터 (부제: 공공데이터 어떻게 받아요?) Coding/R 실습용 데이터는 어지간하면 가상으로 만드는 편이지만, R에는 내장데이터가 겁나 풍부하다. 무슨 패키지 깔면 데이터 드리는 수준... 오늘은 그래서 본인 컴퓨터에 있는 R 내장 데이터 목록을 싹 털었다. 덤으로 ggplot편에 나온 데이터 출처 가르쳐드림. 들어가기 전에 소환하고 싶은 내장 데이터가 있다면 > dat=data(BJsales) 걍 이렇게 부르면 된다. > data(baseball) 경고메시지(들): In data(baseball) : 데이터셋 ‘baseball’을 찾을 수 없습니다 # 라이브러리가 필요한 건 그냥 부르면 에러뜬다 > library(plyr) > data(baseball) # 라이브러리를 부르고 부르자 라이브러리가 있어야 하는 건 라이브러리 부르고 불러야된다.. Q. 그 데이터..

R 배워보기-8.1. ggplot2로 그래프 그리기 (하) Coding/R

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R 배워보기-8.1. ggplot2로 그래프 그리기 (하) Coding/R 그래프 제목(ggtitle()) 김후추씨의 조언대로 그래프를 만든 신입 데이터분석가. 그런데 문제가 하나 있다. "그래프에 제목을 넣고 싶은데... 어떻게 해야 할까요? " > ggplot(data=data_siseol,aes(x=채소구분소분류,y=생산량.톤.,fill=채소구분소분류))+geom_bar(stat="identity")+ggtitle("제주도 시설재배 야채 생산량") 이렇게요. > ggplot(data=data_siseol,aes(x=채소구분소분류,y=생산량.톤.,fill=채소구분소분류))+geom_bar(stat="identity")+ggtitle("제주도 시설재배 야채 생산량")+theme(plot.title=element_text(lineheight=1.5,face="bold")) 물론..

R 배워보기-8.1. ggplot2로 그래프 그리기 (상) Coding/R

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R 배워보기-8.1. ggplot2로 그래프 그리기 (상) Coding/R 참고로 말씀드리는거지만... 분량 ㄹㅇ 역대급임... 노션으로 거의 팔만대장경 나온 듯. 데이터 관련된 얘기는 다른 글에서 다루겠습니다. 들어가기 전에 install.packages("ggplot2") 혹시나... ggplot2가 껄려있지 않다... 깔고 오세요... > library(ggplot2) 어디가요 깔았으면 불러여지. 본인은 저기다가 아예 디렉토리까지 고정으로 박고 시작했다. 막대그래프(geom_bar()) 나 저 geom 자꾸 점으로 읽어... 클났음... 아무튼! 막대그래프를 그릴 때 쓸 공공데이터는 제주도의 야채 생산 현황에 대한 공공데이터이다. 연산 채소구분대분류 채소구분소분류 면적.ha. 생산량.톤. 조수입.백만원. 1 20-21 노지채소 월동무 5056 359575 106434 2 ..

RE with FLASK-Cutter/Finder Coding/Python

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RE with FLASK-Cutter/Finder Coding/Python 파일 관련 기능이 다 빠졌습니다. 아니 쓰는게 노가다여 아주. 둘 다 이식 하긴 했는데 다른데서 개고생함… ㅋㅋㅋㅋㅋ 그래요 개고생이 끼어야 코딩이지… 한번에 되면 그게 이상한거지… Cutter 그... 왜 Searcher에서 라디오버튼 선택하면 값 전송하는 건 다들 아실거고... 이걸 Cutter에도 적용해야 한다. 물론 Finder에도 적용할거다. 이게 왜 필요하냐면 입력 수단이 라디오버튼이기 때문. 그리고 라디오버튼에 각각 딸려오는 요소가 있어서, 연결된 라디오버튼이 선택되지 않았을 때 비활성화도 시켜줘야 한다. 이거 근데 Finder 가면서 소스 갈아엎음. ㅇㅇ function activate() { const checked_input = document.querySelectorAll('#typi..

RE with FLASK-Searcher 이식하기 Coding/Python

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RE with FLASK-Searcher 이식하기 Coding/Python 들어가기 전에 중요한 게 하나 있다. Cutter와 Finder도 내일 이식하긴 할건데, 내일 이식하는 부분에서 FASTA/Genbank 파일 올리는거랑 결과 저장 기능은 빠진다. 그래서 원본 코드에 있던 with 어쩌고를 일단 작성 없이 서버로 보내서 텍스트 에리어에서 출력하는 걸 일차적으로 진행하고 저장-업로드 순으로 할 예정. FASTA/Genbank는 JS로 파일 받아서 파이썬으로 넘겨서 열 생각인데 그거 관련해서 로직 처리가 좀 필요하고(뼈대를 보면 라디오 버튼이다) 반대로 텍스트 파일은 파이썬에서 만들어서 JS로 넘길 생각이다. 텍스트 파일은 만들어준 거 받아서 버튼 누르면 다운로드 되게 하면 끝임. 대공사 전에... 일단 공사 전인 Searcher의 뼈대를 보자. 원래 코드에서 입력으로 받던..

RE with FLASK-뼈대 대공사 Coding/Python

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RE with FLASK-뼈대 대공사 Coding/Python 아, RE는 Restriction enzyme이다. 기본뼈대 app.py from flask import Flask,render_template import pandas as pd import re from datetime import datetime from argparse import FileType import tkinter from tkinter import filedialog from Bio import SeqIO import os import platform app = Flask(__name__) @app.route('/') def hello_world(): # put application's code here return render_template('index.html') if __name..

Wordcloud with FLASK-뼈대 대공사 (3) Coding/Python

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Wordcloud with FLASK-뼈대 대공사 (3) Coding/Python Entrez쪽 뼈대 만든거랑 버튼 얘기 있으니까 기둘려보시오 Entrez with wordcloud 뼈대 이 뼈대가 완전한 건 아닌게 글꼴 선택란이 없음.. 지금 생각중인건 어비 스윗체/둘기마요/나눔고딕정도... 아무튼 Entrez with wordcloud 뼈대도 만들었음. 출력부는 별 차이 없고, 얘는 입력 인자가 검색어랑 논문 갯수뿐이라 입력란이 간소하다. 지금은 논문 개수 입력하는 란이 없는데 그건 나중에 만들면 되고… Sample text 버튼 Text with wordcloud는 찍먹이나 해보자 하는 분들을 위한 샘플 텍스트를 제공하고 있다. 한글 2 영어 2 생각중인데 영어 하나 제보좀 해주세요… 샘플 텍스트(윤동주-별 헤는 밤) 샘플 텍스트(이육사-청포도) 샘플 텍스트 3 샘플 텍스트 4 ..

경로때문에 개노가다 한 썰 푼다 Coding/Python

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경로때문에 개노가다 한 썰 푼다 Coding/Python 일단 개고생한 이유를 축약해드리자면... 1. 윈도우에서는 폰트 저장 경로(C:\Windows\Fonts)에 있는 걸 갖다 쓰는 게 아니라 TTF, OTF파일이 있는 경로를 직접 입력해야 갖다 쓸 수 있음. 2. 근데 리눅스는 폰트 저장 경로(/usr/share/fonts)에서 선택해서 쓸 수 있음. 그래서 개고생했습니다. OS = platform.platform() if 'Linux' in OS: default_dir = '/home' root = tkinter.Tk() root.withdraw() font_dir = '/usr/share/fonts' font_path = filedialog.askopenfilename(parent=root, initialdir=font_dir, title='Choos..

Wordcloud with FLASK-뼈대 대공사 (2) Coding/Python

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Wordcloud with FLASK-뼈대 대공사 (2) Coding/Python 워드클라우드부터 해서 진짜 얘까지 개 노가다의 연속이었음... 그래도 이거 미리 해놔서 Entrez는 입력부만 조금 수정하면 됩니다. 워드클라우드 경로 썰은 다른 포스트에서 풀어드림. 이게 길어서 한번에 캡처 못했음다. 입력부의 각 기능 1. 텍스트 입력란(샘플 텍스트도 있음): 샘플 텍스트는 현재 한글 두개(별 헤는 밤, 청포도)랑 영어 하나(미정)를 생각중이며, 버튼을 누르면 샘플 텍스트가 텍스트에리어에 입력된다. 길면 잘 뽑히긴 한데 영어는 뭘 해야 할 지 모르겠음. 아니 그렇다고 하이 잭 하이 마이크 하와유 이딴걸 할 순 없잖수. 논문 해 논문 2. 컬러맵 선택(이따 이미지 올려드림): 이건 밑에 털어드림. 3. 마스킹이미지 ㄱㄱ: 이미지 안 쓴다는 선택지는 없음. 4. 언어 선택(한국어는 kon..

Wordcloud/RE 경로 관련 코드 수정 Coding/Python

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Wordcloud/RE 경로 관련 코드 수정 Coding/Python 아니 나도 몰랐는데 파이썬으로 OS 정보를 볼 수 있더라? 근데 맥은 내가 가지고 있는 기기가 없어서 못봤음... import platform 일단 이놈을 데려온 다음 print(platform.platform()) 을 치면 자기 컴퓨터의 OS 정보를 볼 수 있다. 그래서 이걸 어떻게 수정했냐면 OS = platform.platform() if 'Linux' in OS: default_dir = '/home' font_dir = '/usr/share/fonts' else: default_dir = 'C:\\' font_dir = 'C:\\Fonts' OS 정보를 가져와서 리눅스면 기본 경로를 이렇게 하고, 아니면(윈도우면) 이렇게 해라 이렇게 했다. 위 코드는 워드클라우드고 제한효소쪽은 파일 불러오는것 ..

Wordcloud with FLASK-뼈대 대공사 Coding/Python

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Wordcloud with FLASK-뼈대 대공사 Coding/Python 일단... 현재 완성된 부분이 여긴데 어바웃 페이지만 된다. 입력받는 란은 아직 안함. 현재 구현된 기능 1) 탭 메뉴(어바웃 페이지/텍스트/엔트레즈 탭) 2) 어바웃페이지 app.py from flask import Flask, render_template from Bio import Entrez from wordcloud import WordCloud from wordcloud import STOPWORDS import matplotlib.pyplot as plot from PIL import Image import numpy as np from argparse import FileType import tkinter from tkinter import filedialog import re from k..

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