Biopython으로 BLAST 돌려보기

쿡북에 있는 것 중 일부 생략했다. (BLAT이랑 8.3~8.5부분) BLAST는 Basic local alignment search tool의 준말로, 보통 블래스트라고 한다. 지나가는 2~30대를 붙잡고 크흐~대 기억이~ 하면 지~난 사랑이~ 가 나오듯, 지나가던 생물학도를 붙잡고 블래스트? 하면 NCBI! 하는 정도로 국민 툴이고 전공수업을 듣다 보면 한 번은 쓰고 넘어가는 툴이기도 하다. 애초에 전공이 생물학인지를 먼저 물어봐야 하는 거 아니냐 이 글에 있는 게 어렵다… 그러면 조용히 구글을 열고 BLAST 검색해서 웹사이트 들어가자. 거기서 할 수 있다. NCBIWWW www가 우리말로 ㅋㅋㅋ이긴 한데 그건 일본에서 통하는 말이고... 보통은 월드 와이드 웹이다. BLAST를 따로 깔지 않고도 ..

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• · 2022. 8. 20.
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번외편-코딩테스트 풀이

코테 본다는 얘기는 못 들은 것 같고... 그냥 면접보다가 어디 실력 좀 볼까? 해서 나온거긴 한데... IDE도 셋업 안 된 상태에서 jupyter 데모로 봤었음... 근데 Python을 안 쓰면 나한테 연락을 안 할것인데 이건 뭔 상황인지 모르겠고... 거기다가 실습할 때 썼던 파일들 올릴랬는데 깃헙 뻑나서 오전중에는 그거랑 씨름함... 해결은 봤죠. 참고로 어제 사용한 FASTAQ파일과 오늘 사용한 FASTAQ파일은 다릅니다. 이거 구하기도 개빡셈. 모듈 모셔오기 from Bio import SeqIO from Bio.Seq import Seq from Bio.SeqRecord import SeqRecord import numpy as np import pandas as pd 세번째줄 안불러도 됨 ..

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• · 2022. 8. 20.
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Biopython으로 MSA 해보기

MSA: multiple sequence alignment 여기에 관한 이론적인 설명은 나중에 또 입 털어드림 ㅇㅇ 아 참고로 MSA 관련해서 다른건 다 결과가 제대로 나왔는데 툴 관련해서 결과가 안나왔어요 이게 암만 찾아도 답이 없어서 좀 더 알아보고 수정할 가능성이 있음 시범조교 앞으로 오늘은 시범조교 가짓수가 좀 많은데 그 중에서도 FASTA 파일들을 좀 올리고자 한다. 이거 말고도 pfam에서 두갠가 받았는데 그건 걍 가서 암거나 받으면 된다. 해당 파일은 박테리아의 16s rRNA 시퀀스가 들어있는 파일이다. FASTA 파일이라 메모장 있으면 일단 열 수는 있다. 리눅스에서는 gedit으로 만들고 편집하고 다 했다. (vim 안씀) rRNA 시퀀스는 Silva에서 가져왔다. 고마워요 실바! Ag..

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• · 2022. 8. 20.
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Biopython SeqIO 써보기

파이참 쓰다보니 키보드 먹통돼서 재부팅 여러번 했다. 이것도 갈 때 된 듯... *참고로 그냥 리드나 파싱으로 긁어오는 방법은 첫 글에서 썼으므로 생략한다. Iteration 활용하기 근데 들어도 이건 뭔 기능인가 싶긴 함. from Bio import SeqIO identifiers = [seq_record.id for seq_record in SeqIO.parse("/home/koreanraichu/sequence.gb", "genbank")] print(identifiers) 뭐야 wrap 넣어줘요... 레코드와 for문을 조합해서 원하는 데이터(ID나 시퀀스, description)만 가져올 수 있다. from Bio import SeqIO identifiers = [seq_record.id fo..

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• · 2022. 8. 20.
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Biopython으로 시퀀스 레코드 생성하고 만져보기

오늘껀 근데 하면서 나도 이해 못했음... SeqRecord를 만들려면 뭘 또 모셔와야 하는데 바로 from Bio.SeqRecord import SeqRecord 이놈이다. 이정도면 복잡한 거 돌리려면 아주 모셔오는데만 열댓줄 쓰게 생겼는데??? 텐서플로우나 저기 그 넘파이 판다스처럼 합쳐버리지 그러냐... (걔네는 일단 한 번 데려오면 다 써먹을 수 있음) 레코드 생성하기 이모지 넣고싶은데 이거 리눅스라 이모지 넣는 법을 모름... 아무튼 레코드는 이렇게 생성하면 된다. from Bio.SeqRecord import SeqRecord from Bio.Seq import Seq EcoRI=Seq("GAATTC") # ECoRI sequence ECoRI_r=SeqRecord(EcoRI) #로 레코드를 ..

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• · 2022. 8. 20.
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Biopython으로 시퀀스 다뤄보기

전에요? 아니 그건 가져온거고. 시퀀스도 텍스트나 리스트처럼 인덱싱과 슬라이싱이 된다. 방법도 똑같다. 그래서 그건 생략할 예정임... 그리고 그거 아니어도 분량이 많아요 또. .count() 특정 문자열이 몇 개인지 세 준다. 뭐 시퀀스에서 아데닌이나 구아닌 갯수 세주고 그런거다. 이걸 이용하면 특정 단백질 시퀀스에서 특정 아미노산(카테고리면 겁나 세야된다...)이 차지하는 비율도 볼 수 있다. 쉬어가는 코너-Primer에서 GC함량 구하기 아 이거 중요합니다. Primer 만들 때 중요한 요소 중 하나가 GC 함량이다. 참고로 여기서는 두 가지 방법으로 구해볼건데 첫번째는 .count()를 이용해 G와 C의 수를 세서 전체 DNA 염기 수로 나누는 거고, 두번째는 바이오파이썬의 모듈을 이용하는 방법이..

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• · 2022. 8. 20.
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Biopython으로 시퀀스 가져오기

참고로 다른 코딩글은 여기다가 안 올린다. 코드블럭도 없고 카테고리도 없어서 어지간한 코딩 이야기는 노션과 워드프레스에 올리는 중... 아니면 미디움이나. 근데 이건 우째도 올렸네? 아 생물학 카테고리가 있잖아요. Biopython은 생물정보학에서 쓰는건데 마침 심심하던 차에 잘됐다 써봐야징 해서 어제 깔았다. 리눅스의 경우 pip install bio(안되면 biopython)으로 걍 터미널에서 깔면 된다(우분투 20.02 LTS 기준). 윈도우마냥 pip 있는 데 안 찾아가도 됨 ㄹㅇ 편함. 근데 파이참 바로가기 없는 건 너무한 거 아니냐고... 내가 터미널 열고 직접 모시러 가야것냐... *Notes: Biopython을 사용하려면 사용할 기능에 맞는 모듈을 모셔와야 한다. 코드에 그게 생략되는 경..

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• · 2022. 8. 20.
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백준 10989번 풀이

문제 https://www.acmicpc.net/problem/10989 10989번: 수 정렬하기 3 첫째 줄에 수의 개수 N(1 ≤ N ≤ 10,000,000)이 주어진다. 둘째 줄부터 N개의 줄에는 수가 주어진다. 이 수는 10,000보다 작거나 같은 자연수이다. www.acmicpc.net 카운팅 정렬로 숫자 정렬하는 문제. 그러나 이 문제에는 함정카드가 하나 있다. (대충 함정좌 짤) 메모리 제한이 8MB밖에 안된다. 자바랑 코틀린만 많이 준다. Reference https://8iggy.tistory.com/123 카운팅 정렬(Counting Sort, 계수 정렬) 알고리즘 읽기 전 불필요한 코드나 잘못 작성된 내용에 대한 지적은 언제나 환영합니다. 개인적으로 사용해보면서 배운 점을 정리한 글..

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• · 2022. 8. 20.
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백준 2750번 풀이

문제 https://www.acmicpc.net/problem/2750 2750번: 수 정렬하기 첫째 줄에 수의 개수 N(1 ≤ N ≤ 1,000)이 주어진다. 둘째 줄부터 N개의 줄에는 수 주어진다. 이 수는 절댓값이 1,000보다 작거나 같은 정수이다. 수는 중복되지 않는다. www.acmicpc.net 주어진 수를 오름차순으로 정렬하기(2751번도 같은 문제인데 버블/선택/삽입으로는 시간초과 뜬다) 풀이 정렬 알고리즘과 관련된 이론적인 설명은 아래를 참고할 것. https://koreanraichu.sfuhost.com/2022/6650/ 정렬 알고리즘 – 인생 그것은 귀차니즘의 연속 알고리즘이 문제를 푸는 방법이라고 했는데, 그러면 정렬 알고리즘은 뭘 정렬하기 위한 방법이겠지? 네, 맞습니다. 이..

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• · 2022. 8. 20.
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백준 1436번 풀이

문제 https://www.acmicpc.net/problem/1436 1436번: 영화감독 숌 666은 종말을 나타내는 숫자라고 한다. 따라서, 많은 블록버스터 영화에서는 666이 들어간 제목을 많이 사용한다. 영화감독 숌은 세상의 종말 이라는 시리즈 영화의 감독이다. 조지 루카스는 스타 www.acmicpc.net Reference https://hongcoding.tistory.com/108 [백준] 1436 영화감독 숌 (Python 파이썬) https://www.acmicpc.net/problem/1436 1436번: 영화감독 숌 666은 종말을 나타내는 숫자라고 한다. 따라서, 많은 블록버스터 영화에서는 666이 들어간 제목을 많이 사용한다. 영화감독 숌은 세상의 종말 이라 hongcoding..

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• · 2022. 8. 20.
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백준 1018번 풀이

문제 https://www.acmicpc.net/problem/1018 1018번: 체스판 다시 칠하기 첫째 줄에 N과 M이 주어진다. N과 M은 8보다 크거나 같고, 50보다 작거나 같은 자연수이다. 둘째 줄부터 N개의 줄에는 보드의 각 행의 상태가 주어진다. B는 검은색이며, W는 흰색이다. www.acmicpc.net 보드에서 최소한으로 재도색하면서 체스판을 만들 수 있는 가짓수는? Reference https://bambbang00.tistory.com/43 [BAEKJOON]백준 1018번: 체스판 다시 칠하기 파이썬 문제 지민이는 자신의 저택에서 MN개의 단위 정사각형으로 나누어져 있는 M*N 크기의 보드를 찾았다. 어떤 정사각형은 검은색으로 칠해져 있고, 나머지는 흰색으로 칠해져 있다. 지민..

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• · 2022. 8. 20.
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백준 25304번 풀이

문제 https://www.acmicpc.net/problem/25304 25304번: 영수증 준원이는 저번 주에 살면서 처음으로 코스트코를 가 봤다. 정말 멋졌다. 그런데, 몇 개 담지도 않았는데 수상하게 높은 금액이 나오는 것이다! 준원이는 영수증을 보면서 정확하게 계산된 것 www.acmicpc.net 구매한 각 물건의 가격과 총합이 일치하는지 확인해야 한다. 풀이 야 우리집에서 이마트 털러 가도 26만원어치는 못사… 게임팩을 털어왔나 아무튼 그래요… 가랑비에 옷 젖는 줄 모른다는 말이 이럴 때 쓰는 말임… 아무튼 로직이 2단인데 다 더한다 비교한다 이게 다다. import sys total_price = int(sys.stdin.readline()) what_buy = int(sys.stdin.r..

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