'Python' 태그의 글 목록 (12 Page)

Biopython SeqIO 써보기 Coding/Python

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Biopython SeqIO 써보기 Coding/Python 파이참 쓰다보니 키보드 먹통돼서 재부팅 여러번 했다. 이것도 갈 때 된 듯... *참고로 그냥 리드나 파싱으로 긁어오는 방법은 첫 글에서 썼으므로 생략한다. Iteration 활용하기 근데 들어도 이건 뭔 기능인가 싶긴 함. from Bio import SeqIO identifiers = [seq_record.id for seq_record in SeqIO.parse("/home/koreanraichu/sequence.gb", "genbank")] print(identifiers) 뭐야 wrap 넣어줘요... 레코드와 for문을 조합해서 원하는 데이터(ID나 시퀀스, description)만 가져올 수 있다. from Bio import SeqIO identifiers = [seq_record.id fo..

Biopython으로 시퀀스 레코드 생성하고 만져보기 Coding/Python

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Biopython으로 시퀀스 레코드 생성하고 만져보기 Coding/Python 오늘껀 근데 하면서 나도 이해 못했음... SeqRecord를 만들려면 뭘 또 모셔와야 하는데 바로 from Bio.SeqRecord import SeqRecord 이놈이다. 이정도면 복잡한 거 돌리려면 아주 모셔오는데만 열댓줄 쓰게 생겼는데??? 텐서플로우나 저기 그 넘파이 판다스처럼 합쳐버리지 그러냐... (걔네는 일단 한 번 데려오면 다 써먹을 수 있음) 레코드 생성하기 이모지 넣고싶은데 이거 리눅스라 이모지 넣는 법을 모름... 아무튼 레코드는 이렇게 생성하면 된다. from Bio.SeqRecord import SeqRecord from Bio.Seq import Seq EcoRI=Seq("GAATTC") # ECoRI sequence ECoRI_r=SeqRecord(EcoRI) #로 레코드를 ..

Biopython으로 시퀀스 다뤄보기 Coding/Python

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Biopython으로 시퀀스 다뤄보기 Coding/Python 전에요? 아니 그건 가져온거고. 시퀀스도 텍스트나 리스트처럼 인덱싱과 슬라이싱이 된다. 방법도 똑같다. 그래서 그건 생략할 예정임... 그리고 그거 아니어도 분량이 많아요 또. .count() 특정 문자열이 몇 개인지 세 준다. 뭐 시퀀스에서 아데닌이나 구아닌 갯수 세주고 그런거다. 이걸 이용하면 특정 단백질 시퀀스에서 특정 아미노산(카테고리면 겁나 세야된다...)이 차지하는 비율도 볼 수 있다. 쉬어가는 코너-Primer에서 GC함량 구하기 아 이거 중요합니다. Primer 만들 때 중요한 요소 중 하나가 GC 함량이다. 참고로 여기서는 두 가지 방법으로 구해볼건데 첫번째는 .count()를 이용해 G와 C의 수를 세서 전체 DNA 염기 수로 나누는 거고, 두번째는 바이오파이썬의 모듈을 이용하는 방법이..

Biopython으로 시퀀스 가져오기 Coding/Python

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Biopython으로 시퀀스 가져오기 Coding/Python 참고로 다른 코딩글은 여기다가 안 올린다. 코드블럭도 없고 카테고리도 없어서 어지간한 코딩 이야기는 노션과 워드프레스에 올리는 중... 아니면 미디움이나. 근데 이건 우째도 올렸네? 아 생물학 카테고리가 있잖아요. Biopython은 생물정보학에서 쓰는건데 마침 심심하던 차에 잘됐다 써봐야징 해서 어제 깔았다. 리눅스의 경우 pip install bio(안되면 biopython)으로 걍 터미널에서 깔면 된다(우분투 20.02 LTS 기준). 윈도우마냥 pip 있는 데 안 찾아가도 됨 ㄹㅇ 편함. 근데 파이참 바로가기 없는 건 너무한 거 아니냐고... 내가 터미널 열고 직접 모시러 가야것냐... *Notes: Biopython을 사용하려면 사용할 기능에 맞는 모듈을 모셔와야 한다. 코드에 그게 생략되는 경..

백준 10989번 풀이 BOJ/[BOJ] Python

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백준 10989번 풀이 BOJ/[BOJ] Python 문제 https://www.acmicpc.net/problem/10989 10989번: 수 정렬하기 3 첫째 줄에 수의 개수 N(1 ≤ N ≤ 10,000,000)이 주어진다. 둘째 줄부터 N개의 줄에는 수가 주어진다. 이 수는 10,000보다 작거나 같은 자연수이다. www.acmicpc.net 카운팅 정렬로 숫자 정렬하는 문제. 그러나 이 문제에는 함정카드가 하나 있다. (대충 함정좌 짤) 메모리 제한이 8MB밖에 안된다. 자바랑 코틀린만 많이 준다. Reference https://8iggy.tistory.com/123 카운팅 정렬(Counting Sort, 계수 정렬) 알고리즘 읽기 전 불필요한 코드나 잘못 작성된 내용에 대한 지적은 언제나 환영합니다. 개인적으로 사용해보면서 배운 점을 정리한 글..

백준 2750번 풀이 BOJ/[BOJ] Python

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백준 2750번 풀이 BOJ/[BOJ] Python 문제 https://www.acmicpc.net/problem/2750 2750번: 수 정렬하기 첫째 줄에 수의 개수 N(1 ≤ N ≤ 1,000)이 주어진다. 둘째 줄부터 N개의 줄에는 수 주어진다. 이 수는 절댓값이 1,000보다 작거나 같은 정수이다. 수는 중복되지 않는다. www.acmicpc.net 주어진 수를 오름차순으로 정렬하기(2751번도 같은 문제인데 버블/선택/삽입으로는 시간초과 뜬다) 풀이 정렬 알고리즘과 관련된 이론적인 설명은 아래를 참고할 것. https://koreanraichu.sfuhost.com/2022/6650/ 정렬 알고리즘 – 인생 그것은 귀차니즘의 연속 알고리즘이 문제를 푸는 방법이라고 했는데, 그러면 정렬 알고리즘은 뭘 정렬하기 위한 방법이겠지? 네, 맞습니다. 이..

백준 1436번 풀이 BOJ/[BOJ] Python

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백준 1436번 풀이 BOJ/[BOJ] Python 문제 https://www.acmicpc.net/problem/1436 1436번: 영화감독 숌 666은 종말을 나타내는 숫자라고 한다. 따라서, 많은 블록버스터 영화에서는 666이 들어간 제목을 많이 사용한다. 영화감독 숌은 세상의 종말 이라는 시리즈 영화의 감독이다. 조지 루카스는 스타 www.acmicpc.net Reference https://hongcoding.tistory.com/108 [백준] 1436 영화감독 숌 (Python 파이썬) https://www.acmicpc.net/problem/1436 1436번: 영화감독 숌 666은 종말을 나타내는 숫자라고 한다. 따라서, 많은 블록버스터 영화에서는 666이 들어간 제목을 많이 사용한다. 영화감독 숌은 세상의 종말 이라 hongcoding..

백준 1018번 풀이 BOJ/[BOJ] Python

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백준 1018번 풀이 BOJ/[BOJ] Python 문제 https://www.acmicpc.net/problem/1018 1018번: 체스판 다시 칠하기 첫째 줄에 N과 M이 주어진다. N과 M은 8보다 크거나 같고, 50보다 작거나 같은 자연수이다. 둘째 줄부터 N개의 줄에는 보드의 각 행의 상태가 주어진다. B는 검은색이며, W는 흰색이다. www.acmicpc.net 보드에서 최소한으로 재도색하면서 체스판을 만들 수 있는 가짓수는? Reference https://bambbang00.tistory.com/43 [BAEKJOON]백준 1018번: 체스판 다시 칠하기 파이썬 문제 지민이는 자신의 저택에서 MN개의 단위 정사각형으로 나누어져 있는 M*N 크기의 보드를 찾았다. 어떤 정사각형은 검은색으로 칠해져 있고, 나머지는 흰색으로 칠해져 있다. 지민..

백준 25304번 풀이 BOJ/[BOJ] Python

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백준 25304번 풀이 BOJ/[BOJ] Python 문제 https://www.acmicpc.net/problem/25304 25304번: 영수증 준원이는 저번 주에 살면서 처음으로 코스트코를 가 봤다. 정말 멋졌다. 그런데, 몇 개 담지도 않았는데 수상하게 높은 금액이 나오는 것이다! 준원이는 영수증을 보면서 정확하게 계산된 것 www.acmicpc.net 구매한 각 물건의 가격과 총합이 일치하는지 확인해야 한다. 풀이 야 우리집에서 이마트 털러 가도 26만원어치는 못사… 게임팩을 털어왔나 아무튼 그래요… 가랑비에 옷 젖는 줄 모른다는 말이 이럴 때 쓰는 말임… 아무튼 로직이 2단인데 다 더한다 비교한다 이게 다다. import sys total_price = int(sys.stdin.readline()) what_buy = int(sys.stdin.r..

백준 3003번 풀이 BOJ/[BOJ] Python

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백준 3003번 풀이 BOJ/[BOJ] Python 문제 https://www.acmicpc.net/problem/3003 3003번: 킹, 퀸, 룩, 비숍, 나이트, 폰 첫째 줄에 동혁이가 찾은 흰색 킹, 퀸, 룩, 비숍, 나이트, 폰의 개수가 주어진다. 이 값은 0보다 크거나 같고 10보다 작거나 같은 정수이다. www.acmicpc.net 체스 기물의 수를 입력하면 몇 개가 모자라거나 남는지 출력하기. 풀이 일단 체스는 흑백의 킹, 퀸, 룩, 비숍, 나이트, 폰으로 이루어져 있다. 킹 하나, 퀸 하나, 룩/비숍/나이트 둘에 폰 여덟이라 16개. 그나저나 이 문제 if로 가야 하는 거 아님? 왜 여기 있음? 아니 if 안가도 됨… 일단 각 케이스를 보자. 0 1 2 2 2 7 -> 1 0 0 0 0 1 2 1 2 1 2 1 -> -1 0 0 1 0 7..

백준 7568번 풀이 BOJ/[BOJ] Python

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백준 7568번 풀이 BOJ/[BOJ] Python 문제 https://www.acmicpc.net/problem/7568 7568번: 덩치 우리는 사람의 덩치를 키와 몸무게, 이 두 개의 값으로 표현하여 그 등수를 매겨보려고 한다. 어떤 사람의 몸무게가 x kg이고 키가 y cm라면 이 사람의 덩치는 (x, y)로 표시된다. 두 사람 A 와 B의 덩 www.acmicpc.net 키와 몸무게를 이용해 덩치 등수를 산출한다. Reference https://bgspro.tistory.com/61 백준 알고리즘 7568: 덩치(Python) www.acmicpc.net/problem/7568 7568번: 덩치 우리는 사람의 덩치를 키와 몸무게, 이 두 개의 값으로 표현하여 그 등수를 매겨보려고 한다. 어떤 사람의 몸무게가 x kg이고 키가 y cm라면 이 사..

백준 2231번 풀이 BOJ/[BOJ] Python

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백준 2231번 풀이 BOJ/[BOJ] Python 문제 https://www.acmicpc.net/problem/2231 2231번: 분해합 어떤 자연수 N이 있을 때, 그 자연수 N의 분해합은 N과 N을 이루는 각 자리수의 합을 의미한다. 어떤 자연수 M의 분해합이 N인 경우, M을 N의 생성자라 한다. 예를 들어, 245의 분해합은 256(=245+2+4+5)이 www.acmicpc.net 어떤 수의 생성자를 구하는 문제. 자세한건 후술. Reference https://yongku.tistory.com/787 백준 2231번 분해합 파이썬(Python) 1. 코드 N = int(input()) #1 result = 0 #2 for i in range(1, N+1) : A = list(map(int, str(i))) #3 result = i + su..

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