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R 배워보기- 6.1. Manipulating data-General 이거 쿡복 보니까 시리즈가 개 많고... 분량이 그냥 종류별로 있습니다... 농담같지만 실화임. 그래서 세부적으로 나갈거예요... 근데 데이터프레임에 csv 불러오는 건 생각 좀 해봐야겠음. 분량이 정말 살인적입니다. 농담 아님. 아 참고로 데이터프레임 정리하기에 라이브러리가 하나 필요합니다. plyr이라고... 그거 없이 하는 방법도 있긴 한데 나중에 뭉텅이로 처리하려면 plyr 필요해요. install.packages("plyr") 설치 ㄱㄱ. sort() 벡터는 sort()로 정렬한다. 그죠 여기 벡터가 나온다는 건 데이터프레임도 있다 이겁니다. (스포일러) > v=sample(1:25) > v [1] 11 2 12 18 23 21 22 14 3 19 13 9 1 16 5 20 6 10 25 8 4.. 2022. 8. 20.
Biopython으로 MSA 해보기 MSA: multiple sequence alignment 여기에 관한 이론적인 설명은 나중에 또 입 털어드림 ㅇㅇ 아 참고로 MSA 관련해서 다른건 다 결과가 제대로 나왔는데 툴 관련해서 결과가 안나왔어요 이게 암만 찾아도 답이 없어서 좀 더 알아보고 수정할 가능성이 있음 시범조교 앞으로 오늘은 시범조교 가짓수가 좀 많은데 그 중에서도 FASTA 파일들을 좀 올리고자 한다. 이거 말고도 pfam에서 두갠가 받았는데 그건 걍 가서 암거나 받으면 된다. 해당 파일은 박테리아의 16s rRNA 시퀀스가 들어있는 파일이다. FASTA 파일이라 메모장 있으면 일단 열 수는 있다. 리눅스에서는 gedit으로 만들고 편집하고 다 했다. (vim 안씀) rRNA 시퀀스는 Silva에서 가져왔다. 고마워요 실바! Ag.. 2022. 8. 20.
Biopython SeqIO 써보기 파이참 쓰다보니 키보드 먹통돼서 재부팅 여러번 했다. 이것도 갈 때 된 듯... *참고로 그냥 리드나 파싱으로 긁어오는 방법은 첫 글에서 썼으므로 생략한다. Iteration 활용하기 근데 들어도 이건 뭔 기능인가 싶긴 함. from Bio import SeqIO identifiers = [seq_record.id for seq_record in SeqIO.parse("/home/koreanraichu/sequence.gb", "genbank")] print(identifiers) 뭐야 wrap 넣어줘요... 레코드와 for문을 조합해서 원하는 데이터(ID나 시퀀스, description)만 가져올 수 있다. from Bio import SeqIO identifiers = [seq_record.id fo.. 2022. 8. 20.
Biopython으로 시퀀스 레코드 생성하고 만져보기 오늘껀 근데 하면서 나도 이해 못했음... SeqRecord를 만들려면 뭘 또 모셔와야 하는데 바로 from Bio.SeqRecord import SeqRecord 이놈이다. 이정도면 복잡한 거 돌리려면 아주 모셔오는데만 열댓줄 쓰게 생겼는데??? 텐서플로우나 저기 그 넘파이 판다스처럼 합쳐버리지 그러냐... (걔네는 일단 한 번 데려오면 다 써먹을 수 있음) 레코드 생성하기 이모지 넣고싶은데 이거 리눅스라 이모지 넣는 법을 모름... 아무튼 레코드는 이렇게 생성하면 된다. from Bio.SeqRecord import SeqRecord from Bio.Seq import Seq EcoRI=Seq("GAATTC") # ECoRI sequence ECoRI_r=SeqRecord(EcoRI) #로 레코드를 .. 2022. 8. 20.
Biopython으로 시퀀스 다뤄보기 전에요? 아니 그건 가져온거고. 시퀀스도 텍스트나 리스트처럼 인덱싱과 슬라이싱이 된다. 방법도 똑같다. 그래서 그건 생략할 예정임... 그리고 그거 아니어도 분량이 많아요 또. .count() 특정 문자열이 몇 개인지 세 준다. 뭐 시퀀스에서 아데닌이나 구아닌 갯수 세주고 그런거다. 이걸 이용하면 특정 단백질 시퀀스에서 특정 아미노산(카테고리면 겁나 세야된다...)이 차지하는 비율도 볼 수 있다. 쉬어가는 코너-Primer에서 GC함량 구하기 아 이거 중요합니다. Primer 만들 때 중요한 요소 중 하나가 GC 함량이다. 참고로 여기서는 두 가지 방법으로 구해볼건데 첫번째는 .count()를 이용해 G와 C의 수를 세서 전체 DNA 염기 수로 나누는 거고, 두번째는 바이오파이썬의 모듈을 이용하는 방법이.. 2022. 8. 20.
Biopython으로 시퀀스 가져오기 참고로 다른 코딩글은 여기다가 안 올린다. 코드블럭도 없고 카테고리도 없어서 어지간한 코딩 이야기는 노션과 워드프레스에 올리는 중... 아니면 미디움이나. 근데 이건 우째도 올렸네? 아 생물학 카테고리가 있잖아요. Biopython은 생물정보학에서 쓰는건데 마침 심심하던 차에 잘됐다 써봐야징 해서 어제 깔았다. 리눅스의 경우 pip install bio(안되면 biopython)으로 걍 터미널에서 깔면 된다(우분투 20.02 LTS 기준). 윈도우마냥 pip 있는 데 안 찾아가도 됨 ㄹㅇ 편함. 근데 파이참 바로가기 없는 건 너무한 거 아니냐고... 내가 터미널 열고 직접 모시러 가야것냐... *Notes: Biopython을 사용하려면 사용할 기능에 맞는 모듈을 모셔와야 한다. 코드에 그게 생략되는 경.. 2022. 8. 20.
R 배워보기-5. 데이터 불러오고 쓰기 read.csv() data data=read.csv("http://www.cookbook-r.com/Data_input_and_output/Loading_data_from_a_file/datafile.csv") > data First Last Sex Number 1 Currer Bell F 2 2 Dr. Seuss M 49 3 Student 21 웹에서 가져오는 것도 된다. read.table() data data=read.table("http://www.cookbook-r.com/Data_input_and_output/Loading_data_from_a_file/datafile.csv",strip.white=TRUE) > data V1 V2 1 First ,"Last","Sex","Number" 2 .. 2022. 8. 20.
번외편-R로 미적분 하기 하는김에 어? 이거 되나? 해서 찾아봄. 미분 > f D(f,"x") a * (5 * x^4) + b * (2 * x) 미분은 이런 식으로 한다. 근데 계산은 안 해준다. 믿고보는 알파신이 짱이다 > f D(f,"x") exp(x) y=e^x를 미분하면 이게 정상이다. 으아아 미분했는데 왜 그대로야 정상입니다 손님 편미분 마려워요? > f D(f,'x') 2 * x * y^2 + 2 * y # x로 미분해주세요 > D(f,'y') x^2 * (2 * y) + 2 * x + 1 # y로 미분해주세요 저 D에서 기호를 바꿔주면 알아서 편미분이 된단다. 위 코드는 각각 x로 한 번, y로 한 번 미분한 결과. (그러니까 어쨌든 한 번 미분했다) > D(D(f,'x'),'y') 2 * x * (2 * y) + .. 2022. 8. 20.
R 배워보기-4. 공식 공식 번외편도 따로 나갑니다. as.formula() y~x y ~ x 이놈은 문자고 as.formula("y~x") y ~ x 이놈은 공식이다. 뭔 차이인지는 모르겠다. > measurevar="y" > groupvars=c("x1","x2","x3") paste(measurevar,paste(groupvars,collapse="+"),sep="=") [1] "y=x1+x2+x3" 이놈도 문자인데 as.formula(paste(measurevar, paste(groupvars, collapse=" + "), sep=" ~ ")) y ~ x1 + x2 + x3 이놈은 공식이다. 역시 뭔 차이인지 모른다. 공식의 구조 t=y~x1+x2 이렇게 공식을 만들어서 확인해보면(아, 참고로 f=as.formula(.. 2022. 8. 20.
R 배워보기-3. 문자열 쿡북 분량은 일단 짧다. 다음것도 짧다. grep() v=c("피카츄","피츄","라이츄","에몽가","따라큐") w=c("Alticuno","moltres","zapdos","lugia","Ho-oh") 참고로 오늘의 시범조교다. grep("따라큐",v) [1] 5 grep은 문자를 찾아주는 함수. grep("alticuno",w) integer(0) ...인데 대소문자를 가린다. grep("alticuno",w,ignore.case=TRUE) [1] 1 그래서 ignore.case=TRUE를 줘야 대소문자 상관 없이 찾아준다. ^와 $ 각각 문자의 시작과 끝을 지정해서 찾아주는 것. grep("^피",v) [1] 1 2 # 시작 문자 지정하기 grep("츄$",v) [1] 1 2 3 # 끝 문자 지정.. 2022. 8. 20.
R 배워보기-2. Numbers 파이썬에서는 똑같은 걸 해보려면 모듈을 불러야 하는데 얘는 모듈 X까! 걍 해! 같은 느낌... 이 다음편 문자열인데 분량 개짧습니다(스포일러) 난수 만들기 runif(1) [1] 0.7232427 runif()를 쓰면 0부터 1까지 중 아무 숫자나 하나 출력한다. runif(4) [1] 0.8477728 0.4359127 0.4291748 0.4625472 저 괄호 안에 숫자는 범위가 아니고 개수 지정하는거다. runif(5,min=0,max=100) [1] 87.75978 48.65714 87.73802 18.87537 75.90590 범위는 이런 식으로 지정한다. floor(runif(6,min=0,max=7)) [1] 1 4 6 4 4 4 소수점 떼뿌라!!! floor는 밑에 설명할건데 그거 보면.. 2022. 8. 20.
R 배워보기-1. Basics 이거 미디움에도 올려야하나 좀 고민인게 일단 쿡북 분량이 생각보다 좀 되고 미디움에는 코드블럭이 없음... 네? 설치요? 구글가서 R 설치하는법 찾아보세요. R studio도 같이 깔아야됨. Python과의 차이점 1) Python과 달리 R은 인덱스 번호가 1부터 시작이다 2) 음수 인덱싱이 Python과 달리 빼고 출력하라는 의미이다(파이썬은 맨 뒤에꺼 달라는 얘기) 3) Python pandas는 기본적으로 결측값을 빼고 계산하지만 R은 결측값을 넣은 상태에서 계산한다. 물론 둘 다 반대로 설정하는 옵션이 존재. 4) R은 결측값을 서브셋 이용해서 대체할 수는 있지만 dropna()같은 기능은 없는 듯 하다. Data Indexing v = c(1,2,4,8,16,32) 일단 벡터는 이런 식이다. .. 2022. 8. 20.

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