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Coding/Python

Project restriction enzyme: 패치노트

by Lv. 35 라이츄 2022. 8. 22.

NEB Filter 추가

이제 NEB에서 파는 제한효소들만 볼 수 있습니다. (NEB: 뉴 잉글랜드 바이오랩스. NEB cutter 만든 거기 맞음)

 

Cutter/Finder의 저장 형식 변경

일부 저장 형식이 변경되었습니다. 

Cutter
Finder
Searcher(하는김에 수정)

 

저장 디렉토리 출력

저장 시 현재 디렉토리를 출력해줍니다. 

 

FASTA파일 관련 문제 수정

1. FASTA 파일에 시퀀스가 소문자로 기록되어 있을 경우 제대로 못 찾던 문제를 수정했습니다. 
2. FASTA 파일에 >가 여러개 일 경우 에러가 뜨는 대신 맨 위에 있는 >로 진행합니다. 

참고로 왜 NEB냐면 거기껄 제일 많이 썼음. 

 

Genbank 파일 지원

문제가 하나 있는데 리드랑 파스랑 뭔 차인지 모르겠음. FASTA는 지에딧으로 열리는거라 보기라도 했지... Genbank는 gb파일이라 우분투에서 못열어요... 게임보이 어드밴스 파일이래... 

혹시 차이 아시는 분 제보 바랍니다. 일단 Read Parse는 FASTA랑 비슷하게 돌아감. 

 

기타 수정사항

1. 커터 파인더 공통으로 FASTA, Genbank를 불러올 경우 description영역에 있는 부분도 가져와서 기록합니다. 수동 입력의 경우 수동입력으로 따로 저장됩니다. 
2. 커터의 경우 효소 하나당 최소 두 줄 차지합니다. (이름/시퀀스/컷수 + 어디)

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