Cutter, Finder 공통 패치: FASTA 파일 불러오는 기능

패치노트

1. 꺾쇠(>)가 하나인 FASTA 파일 한정으로 읽어올 수 있습니다. (Biopython이 꺾쇠 개수에 따라 불러오는 방식이 다름)

2. FASTA 파일을 불러올 경우, 시퀀스 이름란에 FASTA file의 ID영역이 들어갑니다. (사실 description 넣으려다가 너무 길어서...)

3. FASTA 파일을 불러오는 데 성공할 경우에도 멘트가 출력됩니다. (실패할때는 당연히 출력됨)

---

개고생의 흔적

from argparse import FileType
import tkinter
from tkinter import filedialog
from Bio import SeqIO
# 정신사나워서 불러오는거랑 표 분리했습니다...OTL

이쪽이 모듈이다. (뭐가 많음)

 

FASTA_open = input('FASTA 파일을 불러오시겠습니까? 불러오실거면 FASTA 혹은 fasta를 임력해주세요. ').upper()
if FASTA_open == 'FASTA':
    root = tkinter.Tk()
    root.withdraw()
    dir_path = filedialog.askopenfilename(parent=root,initialdir="/home/koreanraichu",title='Please select a directory',filetypes = (("*.fasta","*fasta"),("*.faa","*faa")))
    try: 
        fasta_read = SeqIO.read(dir_path,'fasta')
        sequence_name = fasta_read.id
        sequence = str(fasta_read.seq)
        # 단식으로만 가져오게 함. 
        print(dir_path,'FASTA 파일을 가져왔습니다! ')
    except: 
        print('이 FASTA파일은 한 파일에 여러 개가 기록되어 있어서 가져올 수 없습니다! ')
        # 그래서 parse로 가져와야 하는 파일이면 에러떠여 
else: 
    sequence_name = input("검색할 시퀀스의 이름을 입력해주세요: ")
    sequence = input("검색할 시퀀스를 입력해주세요: ")
    # 시퀀스 입력하는 란

Finder의 경우 효소 변수도 저 위로 빼버렸다. 

 

Cutter(with FASTA)

Finder(with FASTA)

이거 사용자가 FASTA 입력한건지 직접 입력한건지도 써 주면 좋을 듯 하다. 그거랑 별개로 Cutter에 NEB에서 파는효소 or 전체 효소로 필터 주는 것도 재밌을듯. NEB 의문의 홍보행